环保违法企业一般不能自主处理违法行为，而需依法接受相关部门的调查与处罚。以下从不同角度对此问题进行分析：

一、环保违法行为的性质与后果

环保违法行为通常涉及对环境的污染或破坏，这些行为可能对公众健康、生态平衡等造成严重影响。根据《中华人民共和国环境保护法》及相关法律法规，环保违法行为需承担相应的法律责任，包括但不限于罚款、停产整顿、吊销许可证等。这些法律责任的设定旨在保护环境，维护公众利益，因此，环保违法企业不能简单地通过“自主处理”来逃避或减轻法律责任。

二、环保违法行为的处理程序

1. 调查与取证：环保部门在发现企业存在环保违法行为后，会依法进行调查，收集相关证据。这一过程是客观、公正的，旨在确保违法事实的准确认定。

2. 行政处罚：根据调查结果，环保部门会依法对企业作出行政处罚决定。这一决定是基于法律规定的，企业无权自行决定处罚内容或方式。

3. 执行与监督：行政处罚决定作出后，企业需依法履行。同时，环保部门会对企业进行后续的监督，确保企业真正改正违法行为，并防止类似行为再次发生。

三、企业自主处理的局限性

1. 法律知识不足：环保法律体系复杂，企业可能缺乏足够的法律知识来准确判断自身行为的合法性，以及如何正确应对环保部门的调查与处罚。

2. 利益冲突：企业作为违法行为的主体，其自主处理可能受到自身利益的驱使，导致处理结果不公正或无法有效保护环境。

3. 缺乏公信力：企业自主处理环保违法行为，难以获得公众和监管部门的信任。相比之下，依法接受相关部门的调查与处罚，更能体现企业的诚信和责任感。

四、建议与措施

1. 积极配合调查：企业在面临环保违法指控时，应积极配合环保部门的调查，如实提供相关证据和信息。

2. 依法承担责任：企业应依法承担环保违法行为的法律责任，包括接受行政处罚、改正违法行为等。

3. 加强内部管理：企业应加强内部环保管理，建立健全环保制度，确保生产经营活动符合环保要求。

4. 寻求专业帮助：企业在处理环保违法问题时，可以寻求专业律师或环保咨询机构的帮助，以确保自身权益得到妥善保护。

如有任何关于环保法律问题的疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。我将根据您的具体情况，提供专业、全面的法律建议。