不合法的房屋如果签了买卖合同，卖方反悔了，乙方一般不可以申请继续履行该合同。以下从不同角度为您详细分析：
一、合同效力角度
合同无效情形：
- 根据《民法典》的相关规定，如果房屋本身不合法（如未取得合法产权证明、属于违法建筑等），则基于该房屋签订的买卖合同可能因违反法律、行政法规的强制性规定而被认定为无效。
- 无效的合同自始没有法律约束力，因此乙方不能依据无效的合同要求卖方继续履行。
合同可撤销情形：
- 如果合同存在可撤销的情形（如欺诈、胁迫等），乙方可以在法定期限内行使撤销权，撤销该合同。撤销后，合同同样自始没有法律约束力，乙方也不能要求继续履行。
二、继续履行可能性角度
法律障碍：
- 即使合同本身有效，但如果房屋不合法，导致无法办理过户手续等，那么继续履行合同在法律上可能存在障碍。因为房屋买卖合同的最终目的是取得房屋的合法所有权，如果房屋本身不合法，这一目的就无法实现。
实际履行困难：
- 从实际履行的角度来看，如果房屋不合法，卖方可能无法提供合法的产权证明，导致乙方无法办理过户手续，进而无法实际占有和使用房屋。这种情况下，继续履行合同也变得不切实际。
三、法律建议
协商解决：
- 如果卖方反悔，乙方可以首先尝试与卖方进行协商，看是否能够达成和解协议，如解除合同并赔偿损失等。
法律途径：
- 如果协商无果，乙方可以考虑通过法律途径维护自己的权益。但需要注意的是，由于房屋不合法，乙方可能无法要求继续履行合同，而是可以要求卖方承担违约责任，如赔偿损失等。
- 在此过程中，乙方需要收集并保留好相关证据，如买卖合同、付款凭证、沟通记录等，以便在需要时提供给法院或仲裁机构。
风险防范：
- 在未来的房屋买卖交易中，乙方应更加谨慎地审查房屋的合法性，如查看产权证明、了解房屋的历史和现状等，以降低交易风险。
案例参考：在实际操作中，曾有类似案例，因房屋属于违法建筑而无法办理过户手续，导致买方无法取得房屋所有权。最终，法院判决买卖合同无效，买方只能要求卖方返还购房款并赔偿损失，而无法要求继续履行合同。
综上所述，不合法的房屋如果签了买卖合同，卖方反悔了，乙方一般不可以申请继续履行该合同。而是应该考虑通过协商或法律途径来维护自己的权益。如果您在此方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。