关于离职单是否可以由同事代签的问题，这通常不是一个简单的“可以”或“不可以”的答案，因为它涉及到多个法律和实际操作层面的考量。以下是我为您提供的详细分析：
首先，从法律角度来看，离职申请应当由员工本人提出并签署。这是因为离职是员工与用人单位之间劳动关系的一种重要变更，需要员工本人明确表达其意愿。在您提供的案例中，虽然同事代办了离职流程，但法院最终认定离职并非员工本人主动行为及真实意愿，而是公司一方提出解除劳动合同。这说明了法律对于离职申请的真实性和自愿性的重视。
其次，从实际操作角度来看，即使同事代签了离职单，也可能引发一系列法律问题和纠纷。例如，如果员工事后否认离职申请的真实性，或者认为离职并非其本人意愿，那么用人单位可能会面临违法解除劳动合同的风险，并需要支付相应的经济补偿。在您提供的案例中，公司就因为未能证明员工主动要求离职而支付了经济补偿金。
那么，在实际操作中应该如何避免这类问题呢？
确保离职申请的真实性和自愿性：用人单位应当要求员工本人提出离职申请，并亲自签署相关文件。如果员工因特殊原因无法亲自签署，可以考虑通过视频、音频等方式确认其离职意愿，并保留相关证据。
完善离职流程：用人单位应当建立完善的离职流程，包括离职申请、审批、交接等环节。在离职申请环节，应当明确要求员工本人签署离职单，并注明离职原因、离职日期等关键信息。
加强沟通与协商：在解除劳动合同前，用人单位应当与员工进行充分沟通，确保双方达成一致。如果员工对离职有异议或提出其他要求，用人单位应当认真考虑并妥善处理。
保留相关证据：用人单位应当保留与离职相关的所有证据，包括离职申请、审批记录、交接清单等。这些证据在发生劳动争议时将起到至关重要的作用。
综上所述，离职单通常应当由员工本人签署，以确保离职申请的真实性和自愿性。同事代签离职单可能引发法律问题和纠纷，用人单位应当谨慎处理并加强相关流程和沟通。希望这些建议能对您有所帮助。