针对“医疗机构发现过期药品如何处罚”这一问题，以下是根据《中华人民共和国药品管理法》等相关法律法规，为您提供的详细解答：
一、法律责任明确
医疗机构若被发现存在生产、销售或使用过期药品的行为，将承担严格的法律责任。过期药品在法律上被明确界定为劣药，对此类行为有明确的处罚条款。
二、具体处罚措施
罚款：
- 医疗机构若生产、销售劣药（包括过期药品），将被没收违法生产、销售的药品及违法所得，并处以货值金额十倍至二十倍的罚款。若货值金额不足，批发按十万元计，零售按一万元计作为最低罚款标准。
没收与收缴：
- 执法部门将没收医疗机构因使用过期药品而获得的违法所得，并收缴所有过期药品，确保这些药品不再流入市场，危害公众健康。
许可证吊销与停业整顿：
- 在情节严重的情况下，医疗机构可能面临责令停产停业整顿的处罚，甚至可能被吊销药品批准证明文件、药品生产许可证、药品经营许可证或医疗机构制剂许可证。
对个人的处罚：
- 医疗机构的法定代表人、主要负责人、直接负责的主管人员和其他责任人员，除单位处罚外，还将被没收其在违法行为发生期间从本单位所获收入，并处以所获收入百分之三十至三倍的罚款。情节严重者将被终身禁止从事药品生产经营活动，并可能面临公安机关的五日至十五日拘留。
刑事责任：
- 若使用过期药品导致严重的医疗事故或患者死亡，相关责任人还可能被追究刑事责任，面临法律的严厉制裁。
民事赔偿责任：
- 医疗机构还需承担因此产生的民事赔偿责任，对患者因使用过期药品而受到的损害进行依法赔偿，包括但不限于医疗费、护理费、误工费等。
三、情节严重的认定
根据《中华人民共和国药品管理法》的相关规定，以下情形将被认定为情节严重，并依法处以较高数额的罚款等行政处罚：
- 以特殊药品（如麻醉药品、精神药品等）冒充其他药品，或以其他药品冒充上述药品；
- 生产、销售以孕产妇、儿童为主要使用对象的假药、劣药；
- 生产、销售的生物制品、血液制品属于假药、劣药；
- 生产、销售、使用假药、劣药，造成人员伤害后果；
- 生产、销售、使用假药、劣药，经处理后重犯；
- 拒绝、逃避监督检查，或伪造、销毁、隐匿有关证据材料，或擅自动用查封、扣押物品；
- 其他情节严重的情形。
四、预防与管理建议
为避免此类问题，医疗机构应加强药品管理，建立完善的药品采购、存储和使用制度，确保药品在有效期内使用。同时，应定期对药品进行检查和清理，及时发现并处理过期或不合格的药品，以保障患者的用药安全。
综上所述，医疗机构对于过期药品的处理必须严格遵守相关法律法规，确保药品的安全有效，保护患者的合法权益。通过加强内部管理和外部监管，共同维护良好的医疗秩序和药品市场环境。