侵入非法控制计算机信息系统程序工具罪在定罪量刑时，一般并不直接扣除成本。以下是对此问题的详细分析：

一、罪名概述

侵入非法控制计算机信息系统程序工具罪，通常指的是违反国家规定，侵入国家事务、国防建设、尖端科学技术领域的计算机信息系统，或者非法控制计算机信息系统，情节严重的行为。这一罪名主要关注的是行为人对计算机信息系统的非法侵入或控制行为，以及由此可能带来的严重后果。

二、成本扣除的考量

1. 定罪角度：

   • 在定罪时，法院主要关注的是行为人的行为是否符合犯罪构成要件，即是否实施了非法侵入或控制计算机信息系统的行为，以及该行为是否达到了情节严重的程度。成本因素通常不是定罪的直接考量。

2. 量刑角度：

   • 在量刑时，法院会综合考虑多种因素，包括犯罪的性质、情节、社会危害程度以及行为人的主观恶性等。虽然成本因素可能间接影响对行为人社会危害程度的评价，但一般不是量刑的直接依据。也就是说，法院不会因为行为人投入了大量成本而减轻其刑罚。

3. 违法所得与成本的关系：

   • 如果行为人通过非法侵入或控制计算机信息系统获得了违法所得，法院在判决时可能会要求行为人退赔违法所得。但这与成本扣除是两个不同的概念。退赔违法所得是基于行为人因违法行为而获得的利益，而成本扣除则是基于行为人实施违法行为所投入的费用。在刑事法律中，违法所得与成本通常不会相互抵销。

三、法律建议

1. 遵守法律法规：

   • 避免实施任何非法侵入或控制计算机信息系统的行为，以免触犯法律。

2. 积极配合调查：

   • 如果不幸涉及此类案件，应积极配合司法机关的调查工作，如实陈述事实，提供相关证据。

3. 寻求专业法律帮助：

   • 在面对复杂的法律问题时，建议寻求专业律师的帮助，以确保自己的合法权益得到妥善维护。

如果有任何关于刑事辩护的法律问题，可以直接向我咨询。我会根据你的具体情况，提供专业、全面的法律建议。