立案是市公安局但起诉意见书上盖直属分局的章，这一行为本身并不直接构成违法，但需要结合具体情况来判断其合法性与合理性。以下是从不同角度对此问题的详细分析：

1. 管辖权与程序合法性

• 管辖权原则：在刑事诉讼中，案件的管辖通常遵循“犯罪地管辖为主，居住地管辖为辅”的原则。若案件最初由市公安局立案，通常意味着市公安局认为其对该案有管辖权。然而，在侦查过程中，若发现案件更适宜由下属分局处理（如犯罪行为主要发生在分局辖区内），市公安局可能会将案件移交或指定给直属分局继续侦查。
• 程序合法性：只要这一移交或指定过程符合法定程序，且直属分局在接收案件后依法进行侦查并制作起诉意见书，那么起诉意见书上盖直属分局的章就是合法的。这并不意味着市公安局的立案行为无效，而是案件处理过程中的一个正常调整。

2. 起诉意见书的法律效力

• 起诉意见书的作用：起诉意见书是公安机关对侦查终结的案件，认为犯罪事实清楚，证据确实、充分，应当追究犯罪嫌疑人刑事责任时，向同级人民检察院或上级人民检察院移送审查起诉时提出的书面意见。它并不直接决定案件的最终走向，而是为检察机关提起公诉提供依据。
• 盖章的效力：起诉意见书上盖直属分局的章，表明该意见书是由直属分局制作并提出的。只要直属分局依法享有对该案的侦查权，且起诉意见书内容真实、合法，那么其盖章行为就具有法律效力。

3. 可能存在的争议点

• 移交程序的合规性：如果市公安局在立案后未经法定程序就将案件移交或指定给直属分局处理，那么这一行为可能存在程序上的瑕疵。此时，起诉意见书上盖直属分局的章可能会引发关于管辖权和程序合法性的争议。
• 证据收集的合法性：无论案件由哪个机关处理，证据收集都必须严格遵守法定程序。如果直属分局在侦查过程中存在违法取证行为，那么即使起诉意见书上盖有其章，也可能因证据不合法而被检察机关排除。

4. 建议与后续行动

• 核实移交程序：如果您对案件的移交程序有疑问，可以要求相关机关提供移交或指定的法律文书，以核实其合法性。
• 关注证据合法性：在审查起诉阶段，您可以关注检察机关对证据的审查情况，确保所有证据都是依法收集的。
• 咨询专业律师：如果您对案件的处理过程或结果有异议，可以及时向我咨询，我会根据您的具体情况提供专业的法律意见。

总结来说，立案是市公安局但起诉意见书上盖直属分局的章，这一行为在程序合法、管辖权明确且证据合法的前提下是合法的。然而，如果存在程序瑕疵或证据不合法等问题，那么这一行为可能会引发争议。因此，在处理此类案件时，建议您密切关注案件的处理过程，并在必要时寻求专业律师的帮助。