针对您提出的关于自己开发的App中钱包充值功能的合法性问题，以下是我为您提供的详细解答：
首先，要明确的是，网络货运App提供充值功能本身并不违法，但关键在于其是否遵守了国家相关的法律法规和监管要求。从您提供的信息来看，您的公司已经取得了网络货运牌照和增值电信业务经营许可证，这是开展网络货运业务的重要前提，也表明您的业务已经通过了相关部门的审核，拥有了合法资质。
接下来，我们进一步分析充值功能的合法性：
支付业务许可：
- 根据《非银行支付机构监督管理条例》，设立非银行支付机构，应当经中国人民银行批准，取得支付业务许可。但这一规定主要针对的是专门从事支付业务的机构。
- 在您的案例中，如果充值功能仅作为网络货运业务的一个辅助功能，用于方便运费结算，且不涉及向第三方提供支付服务，那么通常不需要单独取得支付业务许可。
- 然而，如果充值功能涉及向用户提供支付服务，如允许用户将资金充值到App钱包后，用于支付其他非运费相关的费用，或者将钱包余额提现到其他银行账户，那么这种行为可能更接近于支付业务，需要谨慎评估是否需要取得支付业务许可。
税收政策和监管要求：
- 网络货运平台需要遵守国家关于网络货运平台的税收政策和监管要求。
- 充值功能应确保资金流转的透明性和合规性，避免虚开发票、逃税等违法行为。
- 您应确保充值和提现流程符合税务部门的监管要求，如及时申报税款、保留完整的交易记录等。
风险管理和安全措施：
- 充值功能应具备严格的风险管理和安全措施，以保护用户资金的安全。
- 这包括但不限于数据加密、身份验证、交易监控等措施。
- 您应定期接受金融监管部门的检查和审计，确保业务合规。
个人责任与规避措施：
- 作为程序员，您需要确保App的功能开发符合公司政策和法律法规。
- 在开发充值功能时，应与法务和财务部门充分沟通，确保符合监管要求。
- 如果出现因编程导致的合规问题，您可能需要承担相应的责任。因此，建议您在开发过程中保持谨慎，遵循最佳实践，并保留完整的开发记录和文档。
建议措施：
- 咨询专业法律意见：在开发充值功能前，建议咨询专业法律人士或金融监管机构，以确保功能合规。
- 完善内部合规机制：建立完善的内部合规机制，包括风险评估、合规审查、内部审计等，以确保充值功能的合规性。
- 加强用户教育：在App中提供清晰的充值和提现说明，教育用户了解资金流转的合规性和安全性。
- 持续关注监管动态：密切关注国家关于网络货运和支付业务的监管动态，及时调整业务策略以符合最新要求。
综上所述，只要您的网络货运App的充值功能遵守了国家相关的法律法规和监管要求，并采取了严格的风险管理和安全措施，那么该功能是合法的。作为程序员，您应确保功能开发符合公司政策和法律法规，并与法务和财务部门充分沟通以规避潜在风险。