大学生实习协议盖公司合同章，在多数情况下是可以的，但需结合具体情况判断其有效性。以下从不同角度为您详细分析：

1. 合同章的法律效力

• 合同章的用途：公司合同章是专门用于签订合同的印章，具有代表公司签订经济合同的法律效力。在实习协议中加盖合同章，通常表明公司认可该协议的内容，并愿意承担相应的法律责任。
• 与公章的区别：虽然公章是公司最高效力的印章，代表公司的正式意志，但合同章在签订经济合同时同样具有法律效力。因此，从法律效力上讲，加盖合同章的实习协议是有效的。

2. 实习协议的特殊性

• 实习性质：大学生实习通常不属于劳动关系，而是基于教学或实践需要的民事关系。因此，实习协议更多受《民法典》等民事法律的调整，而非《劳动法》或《劳动合同法》。
• 协议内容：实习协议应明确双方的权利义务，如实习期限、工作内容、报酬、保密条款等。只要协议内容合法、双方自愿，且加盖了公司合同章，该协议即具有法律效力。

3. 可能存在的风险及建议

• 印章管理风险：如果公司合同章被滥用或未经授权使用，可能导致协议无效或引发法律纠纷。因此，建议大学生在签订实习协议前，确认加盖印章的人员是否具有授权，并保留好协议原件。
• 协议条款审查：无论加盖何种印章，协议条款本身必须合法、明确。大学生应仔细阅读协议内容，确保自身权益不受侵害。如有疑问，可咨询专业律师或学校相关部门。
• 补充证据：为增强协议的证明力，大学生可要求公司出具加盖公章的实习证明或相关文件，作为协议的补充证据。

4. 特殊情况下的处理

• 如果公司拒绝加盖公章：虽然合同章在多数情况下有效，但如果公司坚持只加盖公章，大学生可与公司协商，或要求公司在协议中明确合同章的法律效力。如协商无果，可考虑是否继续签订该协议。
• 如果协议存在瑕疵：如协议内容模糊、权利义务不对等或存在违法条款，即使加盖了合同章，该协议也可能被认定为无效。此时，大学生应及时与公司沟通修改协议，或寻求法律帮助。

总结与建议：大学生实习协议加盖公司合同章在多数情况下是有效的，但需确保协议内容合法、双方自愿，并注意印章管理的风险。如有任何疑问或担忧，建议直接向我咨询，我将为您提供专业的法律意见。