法院不接受反担保保函是否合法，需结合具体情况判断，不能一概而论。以下从不同角度进行分析：

1. 反担保保函的性质与法院接受的前提

反担保保函通常由第三方（如银行或担保公司）出具，承诺在债务人未履行债务时，由第三方承担担保责任。法院是否接受反担保保函，首先取决于其是否符合法律规定的担保形式，以及是否满足法院对担保财产或担保方式的具体要求。

• 合法性前提：反担保保函需符合《民法典》中关于担保的规定，如担保人需具有代为清偿债务的能力，担保方式需合法有效等。
• 法院接受条件：法院在审查担保时，会关注担保的充分性、可执行性以及是否损害其他债权人的利益。若反担保保函无法满足这些条件，法院可能不予接受。

2. 法院不接受反担保保函的可能原因

• 担保不足：若反担保保函的金额、期限或担保范围不足以覆盖债务，法院可能认为其无法有效保障债权实现，从而不予接受。
• 形式不合规：反担保保函需以书面形式出具，并明确担保条款。若形式存在瑕疵，如未加盖公章、未明确担保责任等，法院可能拒绝接受。
• 涉及非法利益：若反担保保函的出具涉及非法活动，如洗钱、诈骗等，法院不仅会拒绝接受，还可能依法追究相关责任。
• 法院自由裁量权：在特定情况下，法院可能基于案件具体情况（如债务人信用状况、担保人资质等）行使自由裁量权，决定是否接受反担保保函。

3. 法律建议与后续行动

• 核实反担保保函的合法性：在提交反担保保函前，应确保其符合法律规定的担保形式，并具备充分的担保能力。
• 与法院沟通：若法院拒绝接受反担保保函，可主动与法院沟通，了解具体原因，并尝试提供补充材料或调整担保方式。
• 考虑其他担保方式：若反担保保函确实无法被法院接受，可考虑提供其他形式的担保，如实物抵押、质押或第三方保证等。
• 寻求法律援助：在处理复杂担保问题时，建议咨询专业律师，以确保担保方案的合法性和有效性。

总结来说，法院不接受反担保保函是否合法，需根据具体情况判断。若反担保保函符合法律规定且满足法院要求，法院应予以接受；若存在瑕疵或不符合要求，法院则有权拒绝。在处理此类问题时，建议保持与法院的沟通，并考虑提供多种担保方式以保障债权实现。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。