摩托车发动机号和车架号磨掉被发现后，车主可能会面临以下处罚：

1. 行政处罚：

   • 依据：根据《中华人民共和国道路交通安全法》第十六条的规定，任何单位或者个人不得拼装机动车或者擅自改变机动车已登记的结构、构造或者特征，包括不得改变机动车型号、发动机号、车架号或者车辆识别代号。
   • 处罚内容：若车主磨掉摩托车发动机号和车架号，属于擅自改变机动车已登记的特征，公安机关交通管理部门将责令其恢复原状，并可能处以警告或者罚款，罚款金额通常在二百元以上二千元以下，具体数额根据违法情节的严重程度而定。

2. 刑事责任（在特定情况下）：

   • 依据：如果车主磨掉发动机号和车架号的行为是为了掩饰、隐瞒犯罪所得（如盗窃、抢劫的摩托车），或者该行为与其他犯罪行为（如走私、贩卖毒品等）有关联，那么车主可能构成掩饰、隐瞒犯罪所得罪或其他相关犯罪。
   • 处罚内容：根据《中华人民共和国刑法》的相关规定，掩饰、隐瞒犯罪所得罪可处三年以下有期徒刑、拘役或者管制，并处或者单处罚金；情节严重的，处三年以上七年以下有期徒刑，并处罚金。若涉及其他犯罪，如走私、贩卖毒品等，则将根据具体罪名和情节进行处罚。

3. 其他后果：

   • 车辆扣留：公安机关交通管理部门在发现摩托车发动机号和车架号被磨掉后，有权扣留该车辆，直至车主恢复原状并接受处罚。
   • 影响车辆年检和过户：磨掉发动机号和车架号可能导致车辆无法通过年检，也无法进行正常的过户手续，从而影响车辆的正常使用和交易。

建议：

• 立即恢复原状：如果车主已经磨掉了摩托车的发动机号和车架号，应立即联系专业的维修机构进行恢复，以避免进一步的法律后果。
• 主动接受处罚：在恢复原状后，车主应主动到公安机关交通管理部门接受处罚，并积极配合调查工作。
• 增强法律意识：车主应增强法律意识，了解并遵守相关法律法规，避免类似行为再次发生。

总结：磨掉摩托车发动机号和车架号是一种违法行为，车主可能面临行政处罚、刑事责任以及其他不良后果。因此，我建议车主务必遵守相关法律法规，不要擅自改变机动车已登记的特征。如果有任何法律问题或疑虑，可以直接向我咨询。