是的，国家明文规定诊所以公司名义注册法人一定要有执业医师资格证。具体分析如下：

一. 法规依据

• 根据《医疗机构基本标准》（试行）中的相关规定，对于不同类型的医疗机构，如门诊部、诊所、卫生室等，均明确要求其人员配置中应包括具有相应执业资格的医师。例如，诊所的牙科门诊每牙科治疗椅至少配备1.03名卫生技术人员，其中2名口腔科医师，牙科治疗椅超过4台的，每增设4台牙椅，至少增加1名口腔科医师。医生必须具有口腔科执业资格，并每2年接受一次口腔科专业培训。
• 虽然《医疗机构基本标准》中并未直接提及“诊所以公司名义注册法人”的情况，但结合医疗机构的设立和人员配置要求，可以推断出诊所在任何形式下的运营都应确保有具备执业医师资格证的人员参与。
• 另外，从医疗行业的特殊性和监管要求来看，医疗机构必须保证医疗质量和安全，而执业医师资格证是评价医生专业能力和资质的重要依据。

二. 逻辑推断

• 诊所以公司名义注册法人，本质上仍然是提供医疗服务的一种组织形式。因此，它必须遵守国家关于医疗机构设立和人员配置的相关法律法规。
• 如果诊所没有具备执业医师资格证的人员，那么它将无法确保医疗服务的专业性和安全性，也无法满足国家的监管要求。

综上所述，国家明文规定诊所以公司名义注册法人一定要有执业医师资格证。这是为了确保医疗服务的专业性和安全性，保障患者的合法权益。如有进一步需要，您可以继续咨询我。