结论前置：借条上原本写了60万，后面还了20万，在双方协商一致且不存在其他争议的情况下，可以重新写一张40万的借条来反映剩余的债务金额。但这一行为需要谨慎处理，并确保符合法律要求，以避免潜在的法律风险。以下从多个角度进行分析：

一、法律背景与原则

在民间借贷关系中，借条是证明双方债权债务关系的重要凭证。当借款人偿还部分款项后，双方可以协商对借条进行修改或重新出具，以反映剩余的债务金额。这一行为本身并不违反法律规定，但必须确保修改或重新出具的借条内容真实、合法，且双方对此无异议。

二、操作建议与注意事项

1. 双方协商一致：

   • 在修改或重新出具借条前，必须确保双方就剩余债务金额、还款期限、利息等关键条款达成一致意见。
   • 协商过程中，建议保留书面或录音等证据，以证明双方的真实意愿和协商过程。

2. 借条内容合法合规：

   • 重新出具的借条应明确载明借款人、出借人、借款金额（即剩余的40万）、借款期限、利息（如有）等关键信息。
   • 借条内容应符合法律法规的规定，不得包含违法或显失公平的条款。

3. 避免潜在风险：

   • 在修改或重新出具借条时，应确保原借条的原件被妥善保管或销毁，以避免未来可能出现的纠纷。
   • 如果可能的话，建议双方在重新出具借条时，邀请第三方见证或进行公证，以增加借条的证明力。

三、可能存在的法律后果

1. 如果修改或重新出具的借条存在瑕疵：

   • 如借条内容不真实、不合法或双方对借条内容存在争议，可能导致借条无效或部分无效。
   • 在这种情况下，出借人可能难以通过法律途径追讨剩余的债务。

2. 如果借款人未按照新借条履行还款义务：

   • 出借人可以依据新借条向法院提起诉讼，要求借款人偿还剩余的债务。
   • 但如果新借条存在瑕疵或双方对借条内容存在争议，可能会影响诉讼的结果。

四、实际操作示例

假设双方协商一致，决定重新出具一张40万的借条。那么，新借条可以这样写：

“借条

今借款人（姓名）___向出借人（姓名）借到人民币肆拾万元整（￥400,000.00），借款期限自年月日起至年月日止。利息按照___%（年利率）计算，于借款到期时一次性支付。如借款人未能按时还款，应承担出借人因追讨债务而产生的一切费用（包括但不限于律师费、诉讼费等）。

借款人（签字）：______ 日期：___年月___日

出借人（签字）：______ 日期：___年月___日”

最后，虽然修改或重新出具借条在法律上是可行的，但必须谨慎处理并确保符合法律要求。如果你有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。