男孩不能直接拿女孩的指甲跟自己的父亲做亲子鉴定来确定与女孩的亲子关系。以下是从不同角度的详细分析：

1. 亲子鉴定的基本原理：

   • 亲子鉴定是通过比较生物样本中的遗传信息（如DNA）来确定亲子关系的一种科学方法。
   • 在亲子鉴定中，通常需要比较孩子与疑似父母之间的遗传标记，以判断是否存在亲子关系。

2. 指甲作为样本的局限性：

   • 指甲虽然含有DNA，但其DNA含量相对较低，且容易受到外界污染（如环境中的其他DNA、细菌等），这可能影响鉴定结果的准确性。
   • 更重要的是，指甲中的DNA主要来源于指甲本身的细胞，而非指甲所附着的手指或脚趾的皮肤细胞。因此，即使指甲样本中的DNA被成功提取，它也可能无法准确反映手指或脚趾皮肤细胞的遗传信息，更无法直接用于确定与另一个人的亲子关系。

3. 亲子鉴定的正确样本选择：

   • 在进行亲子鉴定时，通常选择血液、口腔拭子、头发（带有毛囊）等作为样本，因为这些样本中的DNA含量较高，且相对不易受到污染。
   • 对于确定与女孩的亲子关系，男孩应该提供自己的血液、口腔拭子等样本，同时女孩也应该提供相应的样本（如果女孩是未成年人且无法自行提供，可以由其法定监护人协助提供），以便进行准确的亲子鉴定。

4. 法律与伦理考虑：

   • 在进行亲子鉴定时，必须遵守相关的法律法规和伦理规范。未经当事人同意，不得擅自采集其生物样本进行鉴定。
   • 如果男孩希望确定与女孩的亲子关系，应该与女孩及其法定监护人进行沟通，并在获得同意后，共同前往正规的亲子鉴定机构进行鉴定。

建议：

• 如果男孩希望确定与女孩的亲子关系，应该选择正确的样本类型（如血液、口腔拭子等），并遵循相关的法律法规和伦理规范。
• 男孩可以与女孩及其法定监护人进行沟通，说明自己的意图和目的，并在获得同意后，共同前往正规的亲子鉴定机构进行鉴定。

如有任何法律疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供详细的法律建议。