结论前置：营业执照注销后，员工是否还可以进行劳动仲裁取决于具体情况。一般情况下，已注销的公司不能作为劳动仲裁的被申请人，但在特定情形下，员工仍可追究相关责任人的法律责任。
一、一般情况下不能申请劳动仲裁的原因
当公司依法完成注销登记后，其法人资格即告消灭，意味着该公司在法律上已不复存在。劳动仲裁的被申请人通常是具有用工主体资格的用人单位，而注销后的公司不再具备这一资格。因此，在一般情况下，员工不能以已注销的公司为被申请人申请劳动仲裁。
二、特殊情况下可以申请劳动仲裁的情形
尽管公司注销后通常不能作为仲裁对象，但在以下特殊情形中，员工仍有权追究相关责任人的责任：
公司未经依法清算即办理注销登记
- 法律依据：根据《最高人民法院关于审理劳动争议案件适用法律问题的解释（一）》第二十一条，如果公司在未经依法清算的情况下就办理了注销登记，并且存在未了结的劳动争议，员工可以将公司的股东、出资人等清算义务人列为被申请人。
- 操作建议：员工可以通过劳动仲裁或诉讼要求这些清算义务人承担相应的责任，以维护自身的合法权益。例如，要求支付未支付的工资、经济补偿金等。
公司被注销后存在承继其权利义务的主体
- 法律依据：如果其他单位或组织承继了原公司的权利和义务，那么员工有权将承继单位列为被申请人。例如，在公司因合并或分立而注销的情况下，根据《中华人民共和国劳动合同法》第三十四条的规定，原劳动合同继续有效，并由承继其权利和义务的用人单位继续履行。
- 操作建议：员工可以向承继权利义务的用人单位主张其在劳动争议中的权益，如要求继续履行劳动合同、支付劳动报酬等。
清算组成员存在过错
- 法律依据：根据《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国公司法〉若干问题的规定（二）》第二十三条，清算组成员在清算过程中违反法律、行政法规或公司章程给公司或债权人造成损失的，应承担赔偿责任。
- 操作建议：员工可以清算组成员为被申请人，要求其赔偿因过错导致的损失，如因未妥善保管公司财产导致的损失等。
三、劳动仲裁的时效与注意事项
- 时效限制：员工应在劳动争议发生后的一年内（具体时效可能因地区而异）提出仲裁申请，超过时效的可能不被受理。因此，员工应及时行使自己的权利，避免错过时效。
- 证据准备：员工需准备充分的证据来支持自己的诉求，包括但不限于劳动合同、工资条、工作证、考勤记录、银行流水等能够证明劳动关系及争议事实的材料。这些证据将有助于员工在劳动仲裁中证明自己的主张。
- 法律程序：员工在申请劳动仲裁时，应遵循相应的法律程序，如提交书面仲裁申请、参加仲裁庭审等。如有需要，员工可以寻求专业律师的帮助，以确保自己的权益得到有效维护。
四、总结与建议
营业执照注销后，员工是否还可以进行劳动仲裁取决于具体情况。在一般情况下，已注销的公司不能作为劳动仲裁的被申请人。但在公司未经依法清算、存在承继主体或清算组成员存在过错等特殊情形下，员工仍有权追究相关责任人的法律责任。因此，建议员工在遇到此类问题时，及时咨询专业律师，了解自己的权利和义务，并准备充分的证据来支持自己的诉求。同时，员工也应关注劳动仲裁的时效限制，及时行使自己的权利。