结论前置：公司围起厂门口的公共停车位做物流车位，这一行为是否违法，需根据具体情况判断，但通常情况下，未经许可占用公共停车位属于违法行为。
法律分析
公共停车位的性质：
- 公共停车位属于公共资源，旨在为公众提供停车便利。其使用和管理需遵循相关法律法规，确保公平、公正和合理。
公司行为的合法性：
- 若公司未经相关部门（如城市管理部门、交通管理部门等）的许可，擅自围起公共停车位作为物流车位，这违反了公共资源的管理和使用规定。
- 公共停车位的使用应遵循“先到先得”的原则，或按照相关部门制定的规则进行分配。公司无权单方面改变其用途或限制其使用。
可能的法律后果：
- 相关部门有权对公司进行处罚，包括但不限于罚款、责令恢复原状等。
- 若公司的行为影响了其他公众的正常停车需求，还可能引发民事纠纷，公司需承担相应的民事责任。
具体建议
核实情况：
- 首先，确认该停车位是否确实为公共停车位，以及公司是否未经许可进行了围占。
- 可以通过查询相关规划文件、咨询城市管理部门或交通管理部门等方式进行核实。
与公司沟通：
- 若确认公司行为违法，可以尝试与公司进行沟通，要求其停止违法行为并恢复原状。
- 沟通时，可以引用相关法律法规，说明公司行为的违法性和可能面临的法律后果。
向相关部门举报：
- 若公司拒绝停止违法行为，可以向城市管理部门、交通管理部门等相关部门进行举报。
- 举报时，应提供详细的证据材料，如照片、视频等，以便相关部门进行调查和处理。
寻求法律援助：
- 若公司的行为给自己或其他公众造成了损失，可以寻求法律援助，通过法律途径维护自己的合法权益。
- 可以咨询专业律师，了解具体的法律程序和维权策略。
特殊情况考虑
若公司已获得合法许可：
- 若公司确实已获得相关部门的许可，将公共停车位作为物流车位使用，那么这一行为可能是合法的。
- 但即便如此，公司也应确保不影响其他公众的正常停车需求，并遵守相关部门制定的使用规则。
若停车位存在争议：
- 若停车位的归属或性质存在争议（如是否为真正的公共停车位），可能需要通过法律途径进行确认。
- 在此情况下，建议咨询专业律师，了解具体的法律程序和维权策略。
总结：公司围起厂门口的公共停车位做物流车位，这一行为在未经许可的情况下通常属于违法行为。若遇到此类情况，建议核实情况、与公司沟通、向相关部门举报或寻求法律援助。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。