刑事案件申请再审立案的最长期限，在一般情况下为刑罚执行完毕后两年内，但存在特殊情形时，该期限可能不适用。以下是对此问题的详细分析：
一、一般原则
在刑事诉讼中，对于已生效的判决、裁定，当事人及其法定代理人、近亲属可以向人民法院或人民检察院提出申诉（即再审申请）。根据最高人民法院《关于规范人民法院再审立案的若干意见（试行）》的规定，对于一般情况下的申诉，人民法院对刑事案件的申诉人在刑罚执行完毕后两年内提出的申诉，应当受理。这意味着，在刑罚执行完毕后的两年内，是当事人提出再审申请的主要期限。
二、特殊期限与情形
尽管有上述一般原则，但在某些特殊情况下，即使超过了两年的期限，人民法院也会视情况受理再审申请。这些特殊情况包括：
可能对原审被告人宣告无罪：如果申诉的内容涉及可能宣告原审被告人无罪的新证据或事实，那么不受两年期限的限制。这是因为，新的证据或事实可能直接改变原审的判决结果，因此，即使超过了两年期限，人民法院也应当予以受理。
未受理的申诉：如果原审被告人在规定的期限内已向人民法院提出申诉，但人民法院未予受理的，那么其申诉也不受两年期限的限制。这是因为，原审被告人已经及时行使了自己的权利，但由于人民法院的原因未能得到受理，因此，其申诉权利应当得到保障。
疑难、复杂、重大案件：对于属于疑难、复杂、重大的刑事案件，其申诉同样不受两年期限的限制。这是因为，这类案件往往涉及更多的法律问题和事实认定，需要更深入的研究和审查，因此，人民法院在受理再审申请时应当更加慎重和灵活。
三、新证据情况下的特别规定
如果当事人在判决、裁定生效后发现了新的证据，且这些证据足以推翻原判决、裁定的，那么即使在超过了上述的一般期限后，当事人仍可以在发现新证据之日起六个月内提出再审申请。这一规定体现了法律对事实真相的追求和对当事人权利的保障。
四、法律建议
及时行使权利：当事人应当在收到判决、裁定后及时咨询法律专业人士，了解自己的权利和义务，并在规定的期限内行使再审申请的权利。
保留证据：当事人应当妥善保管与案件相关的证据材料，以便在必要时提出再审申请时能够提供有力的支持。
关注特殊情形：如果当事人的案件存在上述特殊情形之一，那么即使超过了两年期限，也应当及时向人民法院提出再审申请，并说明相关情况。
作为专业律师，我建议当事人在遇到刑事案件再审申请的问题时，及时向我咨询，以便更好地维护自己的合法权益。