关于认定已退还的违纪款是否需要收缴的问题，结论需视具体情况而定，以下分情况详细说明：

1. 违纪款性质与退还情况

   • 若违纪款本身属于应当收缴的范畴（如贪污、受贿、挪用公款等违法所得），且退还行为是在被查处前主动进行的，那么根据相关法律法规，这类款项通常仍需由相关部门（如纪检监察机关、司法机关）依法进行收缴，以追缴违法所得，维护法律秩序。
   • 若违纪款是因违反单位内部规章制度（如违反财务纪律、工作纪律等）而产生的，且退还行为是在单位内部处理过程中完成的，那么单位可能会根据内部规定决定是否收缴。如果单位认为退还行为已经足够纠正错误，且没有造成严重后果，可能会选择不再收缴，而是采取其他纪律处分措施。

2. 退还的动机与影响

   • 如果退还行为是出于真诚悔过、主动纠正错误的目的，且没有试图逃避法律责任或减轻处罚的意图，那么相关部门在决定是否收缴时可能会考虑这一因素，给予一定的宽大处理。
   • 如果退还行为是出于被迫、威胁或为了掩盖更严重的违法行为而进行的，那么相关部门在查明真相后，很可能会依法收缴违纪款，并追究相关人员的法律责任。

3. 法律程序与决定权

   • 在涉及违法所得的收缴问题上，通常需要经过法律程序，由有权机关（如法院、检察院、纪检监察机关等）依法作出决定。这些机关会根据事实、证据和法律规定，综合判断是否需要收缴违纪款。
   • 在单位内部处理违纪问题时，虽然单位有一定的自主权，但也必须遵守国家法律法规和内部规章制度，不得随意决定收缴或免除违纪款。

法律建议：

• 对于涉及违纪款的退还问题，建议相关人员首先咨询专业律师或法律顾问，了解自己的权利和义务，以及可能面临的法律后果。
• 如果退还行为已经发生，且担心是否需要收缴，可以主动向相关部门（如单位纪检监察部门、司法机关等）说明情况，配合调查，并根据调查结果和法律建议采取相应措施。

可能后果：

• 如果违纪款被依法收缴，相关人员可能会面临纪律处分、行政处罚甚至刑事处罚等后果。
• 如果退还行为被认定为真诚悔过且没有造成严重后果，相关人员可能会得到从轻或减轻处理的机会。

如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供详细的法律建议。