非法占有土地的处理方式需根据具体情形和法律程序进行，核心结论如下：

1. 行政处理：责令退还并处罚
   根据《土地管理法》第七十七条，未经批准或采取欺骗手段非法占用土地的，由县级以上人民政府自然资源主管部门责令退还非法占用的土地。若违反土地利用总体规划，可能面临限期拆除、恢复土地原状或没收新建建筑物的处罚，并可并处罚款（按非法占用土地每平方米100元至1000元标准）。例如，企业未经审批在耕地上建厂房，可能被要求拆除并罚款。

2. 刑事责任：非法占用农用地罪
   若非法占用耕地、林地等农用地，改变被占用土地用途，数量较大（如占用基本农田5亩以上或一般耕地10亩以上），造成农用地大量毁坏的，可能构成《刑法》第三百四十二条规定的非法占用农用地罪，处五年以下有期徒刑或拘役，并处或单处罚金。例如，开发商违规将农田改为商业用地，可能面临刑事追责。

3. 民事赔偿：恢复原状与损失补偿
   非法占有人需承担民事责任，包括停止侵害、排除妨碍、恢复土地原状。若造成原土地权利人损失（如农作物减产、土地改良费用），还需赔偿经济损失。例如，村民强占他人承包地种植经济作物，需赔偿对方收益损失。

4. 特殊情形处理

   • 历史遗留问题：若土地占用发生在1987年《土地管理法》实施前，可能按“现状管理”原则处理，但需补办手续。
     
   • 政府征地纠纷：若认为征地程序违法（如未公告、补偿过低），可通过行政复议或诉讼主张权利。
     
   • 善意第三人保护：若土地被转让给不知情的第三方，可能涉及善意取得制度，需结合具体证据判断。

行动建议：

• 若您是土地权利人，可先向当地自然资源部门举报，要求查处非法占用行为；
  
• 若涉及刑事犯罪，可向公安机关报案；
  
• 若需通过诉讼解决，建议收集土地权属证明、占用证据（如照片、证人证言）等材料。
  

如有进一步细节（如土地类型、占用时间、主体身份等），可向我补充说明，以便提供更精准的分析。