结论：绿灯行驶的电瓶车与直行轿车相撞后，电瓶车车主的医药费是否由对方保险公司承担，需根据事故责任划分和保险类型综合判断，具体分以下两种情况说明：

1. 若轿车方被认定承担事故全部或主要责任

根据《道路交通安全法》第七十六条，机动车与非机动车发生交通事故，非机动车无过错的，由机动车一方承担赔偿责任。此时：

• 交强险优先赔付：轿车方的交强险（强制保险）需在医疗费用赔偿限额内（通常为1.8万元）全额赔付电瓶车车主的医药费。
• 商业险补充赔付：若医药费超过交强险限额，或存在伤残赔偿等，轿车方的商业第三者责任险（如有购买）将按责任比例继续赔付剩余部分。
• 车主自担风险：若轿车未投保交强险或商业险，或保险额度不足，超出部分需由轿车车主个人承担。

关键点：需通过交警出具的《交通事故责任认定书》明确责任比例。若电瓶车存在闯红灯、逆行等过错，可能减轻轿车方责任。

2. 若电瓶车方被认定承担事故部分或全部责任

• 交强险无责赔付：即使电瓶车有责任，轿车方的交强险仍需在无责任医疗费用限额内（通常为1800元）赔付电瓶车车主的医药费。
• 剩余损失分担：超出无责限额的部分，若电瓶车车主购买了非机动车第三者责任险（如电动车保险），可由其保险公司赔付；若无保险，则需电瓶车车主自行承担或与轿车方按责任比例分担。

例外情形：若轿车方存在故意碰撞、酒驾等重大过错，即使电瓶车有轻微过错，轿车方仍可能被认定承担全部责任。

行动建议

1. 立即报警并保留证据：要求交警出具责任认定书，拍摄现场照片、视频，保存医疗票据、诊断证明等材料。
2. 联系保险公司：向轿车方的保险公司报案，提交理赔材料；若电瓶车有保险，同步联系自身保险公司。
3. 协商或诉讼：若对责任认定或赔偿金额有争议，可申请交警调解或直接向法院起诉。

提示：具体赔偿金额需结合医药费、护理费、误工费等实际损失计算，建议携带材料面询律师以精准评估。如有进一步疑问，可直接向我咨询交通事故赔偿相关问题。