违法扣押合同属于违法行为，被扣押方有权要求返还合同并视情况追究对方责任，具体处理方式如下：

1. 明确违法性及权利基础
   根据《民法典》第1165条，行为人因过错侵害他人民事权益造成损害的，应承担侵权责任。合同作为民事权益的载体，其所有权归属签订方。若对方未经法定程序（如法院查封、扣押裁定）或未取得合法授权（如双方约定保管条款），擅自扣押合同，即构成对物权的侵害，被扣押方有权要求返还。

2. 分情况处理流程

   • 情况一：对方拒不返还且无合法理由

     1. 协商解决：首先尝试与对方沟通，明确要求返还合同，并留存书面沟通记录（如微信、邮件）。
        
     2. 报警处理：若对方态度强硬，可向公安机关报案，主张对方涉嫌“侵占罪”（需达到数额较大标准，如5000元以上）或“非法侵入住宅罪”（若扣押行为发生在私人场所）。
        
     3. 民事诉讼：直接向法院起诉，要求对方返还合同并赔偿损失（如因合同缺失导致的交易机会丧失、违约金支付等）。需准备证据：合同原件被扣押的证明（如对方承认扣押的录音、证人证言）、合同内容复印件（若留存）、因扣押产生的实际损失凭证（如发票、合同履行记录）。
        

   • 情况二：对方主张“暂时保管”但无合法依据
     若对方以“防止证据灭失”“协助调查”等理由扣押，但未出示法院、仲裁机构或行政机关的合法手续，仍属违法。此时可：

     1. 要求对方出具书面依据：若对方无法提供，直接拒绝并要求返还。
        
     2. 向监管部门投诉：若对方为行政机关（如市场监管局），可向其上级部门或纪委监委举报其滥用职权。
        
     3. 同步启动民事诉讼：与情况一类似，但需在起诉状中强调对方“无权保管”的违法性，强化赔偿请求的合理性。
        

3. 关键风险提示

   • 证据固定：若合同原件被扣押，务必尽快通过拍照、复印、公证等方式留存副本，避免因原件缺失导致权利主张困难。
     
   • 时效限制：民事诉讼的诉讼时效为3年，自知道或应当知道权利被侵害之日起计算，逾期将丧失胜诉权。
     
   • 刑事责任边界：若对方扣押行为未达刑事立案标准（如侵占罪数额不足），仍可通过民事途径解决，但需调整诉讼策略（如降低赔偿预期）。
     

建议：若合同涉及重大利益（如房产交易、股权转让），建议同步委托律师介入，通过律师函警告、证据保全公证等方式强化维权力度。如有具体案件细节，可直接向我咨询，我将结合证据材料提供针对性方案。