结论：在起诉离婚时，即使男方有外遇但过了几年找不到直接证据，女方仍有可能获得补偿，但具体能否获得补偿及补偿的数额和方式，需根据具体情况和法律规定来判断。以下从不同角度进行分析：

一、离婚损害赔偿的角度

根据《民法典》第一千零九十一条的规定，有下列情形之一，导致离婚的，无过错方有权请求损害赔偿：

1. 重婚；
2. 与他人同居；
3. 实施家庭暴力；
4. 虐待、遗弃家庭成员；
5. 有其他重大过错。

分析：

• 若男方的外遇行为构成了“与他人同居”或“有其他重大过错”，且女方能够提供一定证据（尽管可能不是直接证据，但可以是间接证据或证人证言等）来证明男方的过错行为，那么女方在离婚时有权请求损害赔偿。
• 然而，如果男方只是偶尔的外遇行为，并未达到“与他人同居”或构成“其他重大过错”的程度，或者女方无法提供任何证据来证明男方的过错行为，那么女方请求损害赔偿的难度会较大。

建议：

• 女方应尽可能收集能够证明男方过错行为的证据，如聊天记录、照片、视频、证人证言等。
• 如果证据确实难以收集，女方可以考虑咨询专业律师，通过法律途径来寻求帮助，看是否能够通过其他方式证明男方的过错行为。

二、离婚经济补偿的角度

根据《民法典》第一千零八十八条的规定，夫妻一方因抚育子女、照料老年人、协助另一方工作等负担较多义务的，离婚时有权向另一方请求补偿，另一方应当给予补偿。具体办法由双方协议；协议不成的，由人民法院判决。

分析：

• 如果女方在婚姻期间因抚育子女、照料老年人、协助男方工作等负担了较多义务，那么女方在离婚时有权向男方请求经济补偿。
• 这种补偿与男方是否有外遇行为无关，而是基于女方在婚姻期间所承担的额外义务和贡献。

建议：

• 女方应整理自己在婚姻期间所承担的家庭义务和贡献的相关证据，如家务劳动的照片、视频、证人证言等。
• 女方可以与男方协商经济补偿的数额和方式；如果协商不成，可以向人民法院提起诉讼，由法院根据具体情况判决。

三、实际操作中的注意事项

1. 证据收集：无论请求损害赔偿还是经济补偿，证据都是关键。女方应尽可能收集能够证明自己主张的证据，包括直接证据和间接证据。
2. 法律程序：女方应了解离婚诉讼的法律程序和相关规定，确保自己的权益得到充分保障。
3. 专业咨询：如果女方对法律程序或证据收集等方面存在疑问或困惑，建议咨询专业律师以获取更具体的法律建议和指导。

总结：在起诉离婚时，即使男方有外遇但过了几年找不到直接证据，女方仍有可能根据具体情况和法律规定获得补偿。女方应尽可能收集证据来证明男方的过错行为或自己在婚姻期间的额外贡献，并咨询专业律师以获取更具体的法律建议和指导。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。