结论：公路工程专用条款是否需要单独盖章，需结合合同形式、条款性质及行业惯例综合判断，具体分以下两种情况：

1. 若专用条款为合同补充文件，且与主合同不可分割

根据《民法典》第四百九十条，合同自当事人签字或盖章时成立。若专用条款是主合同的组成部分（如合同中明确约定“专用条款与主合同具有同等效力”），则无需单独盖章，在主合同上盖章即可视为对专用条款的认可。
例外情形：若专用条款内容涉及重大权利义务变更（如付款方式、工期调整），或合同明确要求“专用条款需单独签章确认”，则需单独盖章，否则可能因形式瑕疵影响条款效力。

2. 若专用条款为独立文件（如技术规范、工程量清单）

若专用条款是独立于主合同的附件（如招标文件中的技术标准），且合同中未明确其效力从属于主合同，则建议单独盖章。原因如下：

• 明确效力范围：单独盖章可证明双方对条款内容的认可，避免因主合同盖章范围争议导致条款无效；
  
• 行业惯例支持：公路工程领域，技术规范、计量规则等专用条款常作为独立文件，单独签章符合《公路工程标准施工招标文件》的示范要求；
  
• 风险防控：若未单独盖章，对方可能主张“未签章的条款未达成合意”，进而拒绝履行相关义务。

实务建议

1. 审查合同结构：优先通过合同条款明确专用条款的效力（如“本合同附件与主合同具有同等法律效力”）；
   
2. 统一签章流程：若需单独盖章，建议与主合同使用同一印章，并由法定代表人或授权代表签字，确保形式合法；
   
3. 留存签章证据：无论是否单独盖章，均需保存签章过程的书面记录（如签章页复印件、会议纪要），以备纠纷时举证。
   

若您有具体合同文本或场景，可进一步提供细节，我将结合条款内容为您分析签章必要性。