保证期间与诉讼时效在性质、起算时间、约定性、届满后果及法律适用上存在显著区别。

一. 性质不同

• 保证期间：是确定保证人承担保证责任的期间，属于除斥期间。在此期间内，若债权人未向保证人主张权利，则保证人的保证责任免除。除斥期间的特点在于其不变性，即不会因任何事由而发生中止、中断或延长。
• 诉讼时效：是指权利人在法定期间内不行使权利，义务人可提出抗辩导致权利人丧失胜诉权的法律制度。诉讼时效届满后，权利人的实体权利仍然存在，但丧失了通过诉讼程序强制义务人履行义务的权利。诉讼时效属于可变期间，可因法定事由而中止、中断或延长。

二. 起算时间不同

• 保证期间：一般从主债务履行期限届满之日起开始计算。若债权人与保证人对保证期间有约定的，按照约定执行；没有约定或约定不明确的，则适用法定保证期间，即主债务履行期限届满之日起六个月。
• 诉讼时效：根据《民法典》第一百八十八条，诉讼时效期间自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。法律另有规定的，依照其规定。但是，自权利受到损害之日起超过二十年的，人民法院不予保护，有特殊情况的，人民法院可以根据权利人的申请决定延长。

三. 是否可以自由约定不同

• 保证期间：可以由债权人与保证人自行约定，且约定期间优先于法定期间适用。但约定的保证期间不得早于主债务履行期限或者与主债务履行期限同时届满，否则视为没有约定。
• 诉讼时效：是法律强制性规定，当事人不得通过约定变更诉讼时效的期间、计算方法等。对诉讼时效利益的预先放弃也是无效的。

四. 期限届满的法律后果不同

• 保证期间：届满后，保证人的保证责任免除，债权人不得再向保证人主张权利。法院在审理案件时，应主动审查保证期间是否届满，以判定保证人是否承担保证责任。
• 诉讼时效：届满后，权利人丧失的是胜诉权，而非实体权利。若义务人自愿履行义务，权利人仍有权接受履行，且义务人不得以诉讼时效届满为由进行抗辩。法院在审理案件时，不得主动适用诉讼时效的规定，除非义务人提出诉讼时效抗辩。

五. 法律适用上的区别

• 保证期间：主要适用于保证合同关系，用于确定保证人承担保证责任的期限。在保证期间内，债权人需向保证人主张权利，否则保证人的保证责任将免除。
• 诉讼时效：广泛适用于各类民事法律关系，是权利人请求司法保护其权利的期间限制。诉讼时效的届满将影响权利人通过诉讼程序实现其权利的可能性。

我建议：在处理涉及保证期间与诉讼时效的法律问题时，应明确区分两者的性质和适用条件，确保合法权益得到有效保护。如有进一步需要，您可以继续咨询我。