结论：自装超过物业申请时间是否会被罚款，需结合具体情况判断，主要涉及物业规定、地方性法规及合同约定三个层面。以下分情况说明：

1. 依据物业规定
   若物业在《装修管理协议》或《业主公约》中明确约定装修期限及超期处罚条款（如每日按一定比例收取违约金），且该条款不违反法律强制性规定（如未超出合理范围），则业主超期装修可能面临物业依据合同收取违约金。但需注意，物业无行政处罚权，其“罚款”本质为合同违约责任，而非行政处罚。

2. 依据地方性法规
   部分城市（如北京、上海）通过地方性法规或规章对住宅装修时间作出限制（如工作日8:00-18:00禁止噪音施工），并授权物业或城管部门对违规行为进行处罚。若业主超期装修违反此类规定，可能被城管部门处以警告或罚款（通常500-5000元不等）。此时处罚主体为行政机关，物业仅能配合取证。

3. 依据合同约定
   若业主与装修公司签订的合同中约定了工期及超期责任（如按日支付违约金），则超期可能导致业主向装修公司承担违约责任，与物业无关。但若因业主未及时申请导致物业停水停电等，可能涉及物业侵权责任。

建议：

• 立即查阅《装修管理协议》及地方性法规，确认是否存在超期处罚条款；
  
• 若物业以“罚款”名义收费，可要求其出具行政处罚决定书（否则可能涉嫌违规收费）；
  
• 如遇强制停工或断水断电，可向当地房管部门投诉或通过诉讼主张权利。
  

如有进一步细节（如所在城市、物业具体通知内容等），可提供后为您具体分析。