《超限运输车辆行驶公路管理规定》可以直接处罚司机，但具体处罚措施和依据需结合其他相关法律法规综合判断。以下是对此问题的详细分析：
一、直接处罚司机的法律依据
《超限运输车辆行驶公路管理规定》：
- 该规定明确了对超限运输车辆的处罚措施，包括罚款、责令改正等。虽然规定本身未直接提及“处罚司机”，但超限运输行为通常由司机直接实施，因此在实际执法中，司机作为直接责任人，会受到相应的处罚。
《中华人民共和国道路交通安全法》：
- 该法第九十二条规定，货运机动车超过核定载质量的，处二百元以上五百元以下罚款；超过核定载质量百分之三十或者违反规定载客的，处五百元以上二千元以下罚款。这一条款直接针对货运机动车的驾驶人（即司机）进行处罚。
《公路安全保护条例》：
- 该条例第六十四条规定，违反本条例的规定，在公路上行驶的车辆，车货总体的外廓尺寸、轴荷或者总质量超过公路、公路桥梁、公路隧道、汽车渡船限定标准的，由公路管理机构责令改正，可以处3万元以下的罚款。虽然该条款未直接提及“司机”，但司机作为车辆驾驶人，需对车辆的超限行为负责，并可能因此受到处罚。
二、处罚措施的具体实施
罚款：
- 根据超限程度的不同，罚款金额也会有所差异。例如，车货总质量超过限定标准但未超过1000千克的，予以警告；超过1000千克的，每超1000千克罚款500元，最高不得超过30000元。
记分：
- 驾驶货车载物超过核定载质量未达30%的，一次记1分；超过核定载质量30%以上的，一次记3分（也有说法为6分，具体以最新交通法规为准）。记分制度是对司机驾驶行为的一种长期监督和约束机制。
扣留机动车：
- 公安机关交通管理部门可根据情况扣留存在超限超载行为的机动车，直至违法状态消除。例如，卸载超载货物或转运超载乘客。这一措施旨在确保道路交通安全和公路设施不受损害。
对运输单位主管人员的处罚：
- 如果运输单位的车辆经处罚不改，情节严重的，将对直接负责的主管人员处相应罚款。这一条款体现了对运输单位整体管理责任的追究。
三、实际执法中的注意事项
处罚对象的明确性：
- 在实际执法中，应明确处罚对象为直接实施超限运输行为的司机，而非车辆本身或其他无关人员。
证据的充分性：
- 处罚前应收集充分的证据，如超限检测报告、现场照片、视频等，以证明司机确实存在超限运输行为。
程序的合法性：
- 处罚过程应严格遵守法定程序，包括告知司机处罚事实、理由和依据，听取司机的陈述和申辩，以及依法送达处罚决定书等。
总结来说，《超限运输车辆行驶公路管理规定》及相关法律法规可以直接处罚司机，处罚措施包括罚款、记分、扣留机动车等。在实际执法中，应明确处罚对象、收集充分证据并遵守法定程序。如果您或您身边的人遇到超限运输相关的法律问题，可以直接向我咨询。