骗取出口退税案主要由公安机关的经济犯罪侦查部门（经侦部门）负责管辖。以下是对此问题的详细分析：
一、法律依据与职责划分
- 法律定性：根据《中华人民共和国刑法》的相关规定，骗取出口退税罪属于严重的经济犯罪行为。这类犯罪不仅损害了国家的税收利益，也破坏了公平竞争的市场环境。
- 职能分工：依据《刑事诉讼法》及公安部相关规定，此类案件由公安机关管辖，具体由经济犯罪侦查部门负责立案侦查。这是因为经济犯罪具有其独特性和复杂性，而经侦部门具备专业的知识和技能，能够高效、精准地开展调查取证和抓捕犯罪嫌疑人等工作。
二、侦办流程与协作机制
- 线索受理：税务机关在税收征管中发现涉嫌骗税线索后，需依法移送公安机关。这是侦办骗取出口退税案件的重要起点，确保了案件能够及时进入司法程序。
- 立案侦查：经济犯罪侦查部门通过调取报关单、发票、资金流水等证据，查明虚开发票、虚假报关等犯罪事实。这一过程中，经侦部门会运用专业的侦查手段和技术，确保案件的侦破效率和质量。
- 跨部门协作：在侦办过程中，公安机关会与税务机关、海关、人民银行等相关部门密切协作配合。税务机关能够提供企业的纳税申报、出口退税等详细信息；海关能够提供货物实际进出口情况等证据；人民银行等金融监管部门则可以协助查询涉案资金的流向等信息。这种跨部门合作有助于更高效地打击此类违法犯罪行为。
三、特殊情形处理
- 跨境案件：涉及境外公司的骗税案件，由于涉及国际法律和司法管辖问题，处理起来更为复杂。此时，公安机关会通过国际警务合作渠道追查资金流向和货物轨迹，确保案件的顺利侦破。
- 新型手段：针对利用跨境电商平台实施的骗税行为，公安机关会联合网信部门开展电子数据勘验。随着科技的发展，犯罪手段也在不断更新，公安机关需要不断适应新的犯罪形式，确保打击犯罪的有效性。
四、法律建议与后果
- 法律建议：对于广大企业和个人而言，如果发现骗取出口退税的犯罪行为或相关线索，应及时向当地公安机关报案。这样不仅能够维护国家税收秩序和公平竞争的市场环境，还能保护自身合法权益不受侵害。
- 法律后果：根据《中华人民共和国刑法》的相关规定，骗取出口退税罪将受到法律的严厉制裁。具体处罚包括有期徒刑、拘役以及罚金等。数额特别巨大或者有其他特别严重情节的，甚至可能面临无期徒刑的处罚。
综上所述，骗取出口退税案主要由公安机关的经济犯罪侦查部门负责管辖。在侦办过程中，公安机关会与多个相关部门密切协作配合，形成合力打击此类犯罪行为。如果您有任何关于骗取出口退税案的法律问题或需要进一步的法律建议，请随时向我咨询。