在执行异议中被追加的公司股东已注销的情况下，案件的处理需根据股东注销的具体情形及责任承担情况来综合判断。以下是从不同角度给出的详细分析和建议：
一、股东注销情形与责任承担
正常注销：
- 若股东是按照法定程序正常注销，且已清算完毕，无遗留债务，那么通常情况下，该股东不再承担公司债务。此时，若该股东被追加为执行异议的当事人并已注销，执行法院可能需重新审查执行依据，考虑是否应继续执行或调整执行对象。
- 法律建议：执行法院应核实股东注销的合法性及清算情况，若确认无误，可考虑终结对该股东的执行，转而执行其他责任主体。
未清算或违法注销：
- 若股东在注销过程中未依法进行清算，或存在逃避债务等违法行为，导致公司债务未得到妥善处理，那么根据相关法律规定，该股东可能仍需对公司债务承担责任。
- 法律建议：执行法院可依据相关法律规定，追加该股东的清算义务人或实际控制人为被执行人，继续执行程序。同时，债权人也可通过法律途径追究相关责任人的法律责任。
二、执行异议的处理流程
审查执行依据：
- 执行法院应首先审查执行依据的合法性和有效性，确认被追加的股东是否确实应承担责任。若股东已注销，需进一步核实其注销情况及责任承担问题。
听证与裁决：
- 执行法院可组织听证会，听取各方当事人的意见和证据，对执行异议进行裁决。在裁决过程中，应充分考虑股东注销的实际情况及责任承担问题。
调整执行对象或终结执行：
- 根据裁决结果，执行法院可调整执行对象，转而执行其他责任主体；或若确认股东注销后无需承担责任，可终结对该股东的执行。
三、特殊情况下的处理
股东注销后资产转移：
- 若股东在注销过程中将资产转移至其他主体，导致公司债务无法清偿，债权人可依法追究相关责任人的法律责任，要求其承担连带清偿责任。
股东注销与破产程序：
- 若公司进入破产程序，而股东已注销，破产管理人应依法对股东的清算义务进行审查。若股东未依法清算导致公司债务无法清偿，破产管理人可向相关责任人追偿。
四、法律后果与风险提示
- 对于债权人：若股东已注销且无需承担责任，债权人可能面临执行困难。此时，债权人应积极寻找其他责任主体或通过法律途径追究相关责任人的法律责任。
- 对于执行法院：应依法审查执行依据和股东注销情况，确保执行程序的合法性和有效性。避免因错误执行而导致当事人权益受损。
- 对于相关责任人：若因股东注销过程中的违法行为而导致公司债务无法清偿，相关责任人可能面临法律追究和连带清偿责任。
在实际操作中，每个案件的具体情况都有所不同。因此，在处理此类案件时，建议详细核查股东注销的具体情况、责任承担问题以及执行依据的合法性。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。