有限责任公司由自然人投资或控股的，确实需要进行受益所有人信息备案。以下是对此问题的详细分析：
法规依据与背景
根据我国相关法律法规，特别是反洗钱和反恐怖融资的相关规定，金融机构和特定非金融机构需要识别并核实其客户的受益所有人信息。这一要求旨在防止不法分子利用公司结构进行洗钱或恐怖融资活动。对于有限责任公司而言，无论其是由自然人投资还是控股，都需要遵循这一规定。
受益所有人定义
受益所有人通常指的是最终拥有或控制一个客户（在此为公司）的自然人，或者交易的实际受益人。在有限责任公司中，这通常指的是公司的实际控制人、主要股东或对公司决策有重大影响的自然人。
备案流程与要求
识别受益所有人：公司需要首先识别出其受益所有人。这通常涉及对公司的股权结构、控制关系以及决策机制进行深入分析。
收集信息：一旦识别出受益所有人，公司需要收集其相关信息，包括但不限于姓名、身份证号码、联系方式以及在公司中的角色和地位。
备案与报告：公司需要将收集到的受益所有人信息备案，并在必要时向相关监管机构报告。这一流程可能因地区和行业而异，但通常都涉及向金融机构或特定非金融机构提交相关信息。
法律后果与合规建议
法律后果：如果公司未能按照要求进行受益所有人信息备案，可能会面临法律处罚，包括但不限于罚款、业务限制甚至刑事责任。
合规建议：
实际操作中的注意事项
与金融机构沟通：在备案过程中，公司可能需要与金融机构进行密切沟通，以确保信息的准确性和合规性。
关注法规变化：由于反洗钱和反恐怖融资法规可能不断更新，公司应密切关注相关法规的变化，并及时调整其合规策略。
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