当车辆发生追尾事故并导致变速箱损坏时，处理流程及赔偿事宜可以按照以下步骤进行：
一、责任认定
首先，要明确的是，在追尾事故中，一般来说，赔偿责任是由追尾的那一方来承担的。这是因为追尾行为通常被视为后车驾驶员的过失或疏忽。
二、联系保险公司
- 及时报案：事故发生后，应立即联系自己的保险公司，告知事故情况，并要求保险公司尽快派员到现场进行定损评估。
- 提供信息：在联系保险公司时，需要提供事故发生的时间、地点、双方车辆信息以及事故的大致经过等。
三、定损评估
- 损坏程度评估：保险公司的定损员会到现场对变速箱的损坏程度进行详细评估，包括损坏的具体部位、损坏的严重程度等。
- 维修或更换费用评估：根据损坏程度，定损员会评估出维修变速箱所需的费用，或者如果损坏严重，会评估更换变速箱的费用。
四、赔偿处理
- 保险公司赔付：保险公司会根据定损结果来进行赔付。如果维修费用在保险范围内，保险公司会直接支付维修费用；如果需要更换变速箱，保险公司也会支付相应的更换费用。
- 自费部分：如果对方的车辆没有购买足够的保险，或者保险的额度不足以支付全部的赔偿金额，那么追尾的那一方就需要自己承担剩下的部分。
五、其他损失赔偿
如果因为追尾事故导致车辆出现了其他损失，比如车身变形、其他零部件损坏等，这些损失也应该一并纳入到赔偿的范围之内。在定损时，应确保所有损失都被准确评估并纳入赔偿范围。
六、保留证据
在协商赔偿的过程中，一定要保留好相关的证据，比如：
- 事故现场照片：可以清晰地展示事故发生的现场情况，包括双方车辆的位置、损坏情况等。
- 维修发票：如果车辆进行了维修或更换了零部件，应保留好维修发票作为赔付的依据。
- 其他相关证据：如交警出具的事故责任认定书等。
七、协商与诉讼
- 协商解决：在保留好相关证据后，可以与对方或对方的保险公司进行协商，就赔偿金额和赔偿方式达成一致。
- 诉讼途径：如果协商无果，可以考虑通过法律途径来解决争议，比如向法院提起诉讼。
概括起来，当车辆发生追尾事故并导致变速箱损坏时，应及时联系保险公司进行定损评估，并根据定损结果进行赔偿处理。同时，要保留好相关证据以保障自己的合法权益。