合作协议中约定缴纳土地款是否合法需分情况讨论，具体结论如下：

1. 若土地权属清晰且符合法定程序
   若合作协议中约定的土地款缴纳对象为合法土地所有权人（如政府出让的国有土地或集体土地经依法征收后），且缴纳程序符合《土地管理法》《城市房地产管理法》等规定（如通过招拍挂取得土地、缴纳出让金并办理土地使用权证），则该约定合法有效。
   关键点：需核实土地权属证明、出让合同、缴费凭证等文件，确保土地来源合法且程序无瑕疵。

2. 若土地存在权属争议或程序违法
   若协议约定的土地款涉及未取得合法权属证明的土地（如小产权房用地、集体土地未经征收直接转让），或未通过法定程序（如未缴纳土地出让金、未办理规划许可）即约定缴纳款项，则可能因违反《民法典》第153条（违反法律、行政法规强制性规定）或《土地管理法》第74条（买卖或以其他形式非法转让土地）而被认定无效。
   风险点：此类约定可能导致合同无效、款项被追回，甚至涉及行政处罚或刑事责任。

3. 若为合作开发中的内部资金安排
   若合作协议双方均为合法主体，且约定缴纳土地款系为共同开发项目而进行的内部资金分配（如一方负责拿地并垫付土地款，另一方按比例分担），则该约定属于民事主体间的合法约定，但需明确资金用途、支付条件及违约责任，避免因资金管理不善引发纠纷。
   建议：在协议中明确土地款的具体用途（如支付政府出让金、拆迁补偿等）、支付时间节点及双方的权利义务，必要时可设置共管账户或第三方监管。

总结：合作协议中约定缴纳土地款的合法性取决于土地权属、程序合法性及资金用途。建议签订前核查土地权属证明、出让合同等文件，并咨询专业律师对协议条款进行合规审查，以降低法律风险。如有具体协议或案例，可进一步向我提供细节，我将为您详细分析。