委托代理问题的主体主要涉及到两个核心方面，这取决于具体的委托代理场景。以下是对两个不同场景下委托代理问题主体的详细解释：
一、全民所有自然资源资产所有权委托代理机制中的主体
在全民所有自然资源资产所有权委托代理机制中，主体主要包括：
委托方：国务院代表国家行使全民所有自然资源所有权，是这一机制中的最高委托方。它授权自然资源部统一履行全民所有自然资源资产所有者职责。
受托方：自然资源部作为受托方，接受国务院的授权，统一履行全民所有自然资源资产所有者职责。同时，自然资源部又进一步委托省级、市地级政府代理行使部分自然资源资产所有者职责。因此，省级、市地级政府也是这一机制中的重要受托方。
这一委托代理机制旨在解决全民所有自然资源资产产权管理中中央和地方权责不清的问题，确保所有者权益得到有效维护和实现。
二、经营主体登记申请及代理行为中的主体
在经营主体登记申请及代理行为中，主体则包括：
委托方：经营主体，即需要办理登记、备案事项的企业或个体工商户等。它们可以自行办理，也可以指定代表人或委托代理人进行办理。
受托方：登记代理人，即具备登记注册相关专业知识，直接接受经营主体委托，为经营主体提供代理登记注册相关服务的第三方机构或者个人。这些代理人通过全国经营主体登记注册代理人信息系统表明其代理身份，并按照相关规定和程序为经营主体办理登记注册事宜。
在这一场景中，委托代理问题主要关注的是代理行为的合法性、合规性以及代理人的责任和义务等方面。
总结：委托代理问题的主体取决于具体的场景。在全民所有自然资源资产所有权委托代理机制中，主体是国务院、自然资源部以及省级、市地级政府；而在经营主体登记申请及代理行为中，主体则是经营主体和登记代理人。理解这些主体及其相互关系，有助于更好地把握委托代理问题的本质和解决方案。