农业执法部门在符合法定条件的情况下，可以对违法车辆进行扣押。以下从不同角度为您详细分析：

一、法律依据

根据《中华人民共和国行政处罚法》及相关农业法律法规，农业执法部门在履行职责过程中，有权对违反农业法律法规的行为进行查处。对于涉及违法运输、销售农产品或农业投入品等行为的车辆，如果其违法行为严重，且存在逃避处罚、销毁证据等风险，农业执法部门有权依法采取扣押等行政强制措施。

二、扣押条件

1. 违法行为存在：农业执法部门必须首先确认车辆存在违法行为，如超载、无证运输、运输违禁物品等。
2. 证据保全需要：为了防止违法行为人逃避处罚或销毁证据，农业执法部门可以依法扣押相关车辆。
3. 法定程序遵循：农业执法部门在扣押车辆时，必须遵循法定程序，如出示执法证件、告知扣押理由和依据、制作扣押清单等。

三、扣押程序

1. 现场处置：农业执法人员在发现违法行为后，应立即进行现场处置，包括制止违法行为、收集证据等。
2. 决定扣押：如果认为有必要扣押车辆，农业执法人员应报请本部门负责人批准，并制作扣押决定书。
3. 实施扣押：在获得批准后，农业执法人员应依法实施扣押，包括将车辆移至指定地点、制作扣押清单并交由违法行为人签字确认等。
4. 后续处理：扣押后，农业执法部门应及时对违法行为进行调查处理，并在法定期限内作出处理决定。如果违法行为得到证实，将依法对违法行为人进行处罚；如果违法行为不成立或已纠正，应及时解除扣押并返还车辆。

四、注意事项

1. 合法性审查：农业执法部门在扣押车辆前，必须确保自己的执法行为合法，包括具有执法权限、遵循法定程序等。
2. 权利保障：在扣押过程中，农业执法部门应保障违法行为人的合法权益，如告知其享有陈述、申辩等权利。
3. 期限限制：扣押车辆应有明确的期限限制，农业执法部门应在法定期限内完成调查处理工作，并及时解除扣押。

五、法律后果

如果农业执法部门在扣押车辆过程中存在违法行为，如超期扣押、损坏车辆等，将可能承担相应的法律责任，包括行政赔偿等。同时，违法行为人也有权依法申请行政复议或提起行政诉讼，维护自己的合法权益。

建议您：如果遇到农业执法部门扣押车辆的情况，应首先确认自己的违法行为是否存在，并积极配合执法部门的调查处理工作。如果认为执法部门的扣押行为存在违法或不当之处，可以依法申请行政复议或提起行政诉讼。如果您有任何法律问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。