结论前置：变更法人时，原法人持有的股份处理方式需根据具体情况确定，主要分为以下几种情形：
原法人同时是股东，且股份转让给其他主体
若原法人作为股东，希望在变更法人时一并转让其持有的股份，需遵循《公司法》关于股权转让的规定：
- 有限责任公司：股东之间可自由转让股权；向股东以外的人转让时，需经其他股东过半数同意，且其他股东享有优先购买权。
- 股份有限公司：股权转让更灵活，可通过证券交易场所或协议方式转让，但需遵守公司章程及《证券法》相关规定（如涉及上市公司）。
- 操作要点：签订书面股权转让协议，修改公司章程和股东名册，并办理工商变更登记。
原法人仅是法定代表人，不持有股份
若原法人仅作为公司代表（如执行董事、经理等），其职务变更不影响公司股权结构，股份仍归原股东所有。此时需：
- 修改公司章程中关于法定代表人的条款；
- 向工商部门提交变更登记申请（如营业执照、法定代表人信息等）。
原法人持有股份，但未转让，仅变更法定代表人
若原法人仍保留股东身份，仅不再担任法定代表人，其股份不受影响。但需注意：
- 法定代表人变更可能涉及公司控制权变化，需评估是否触发股东权利行使的调整（如表决权、分红权）；
- 若公司章程对法定代表人职权有特殊约定（如代表公司签署合同），需明确新法定代表人的权限范围。
特殊情形：原法人去世或丧失行为能力
- 若原法人同时是股东且去世，其股份按《继承法》由继承人继承，需办理股权继承公证及工商变更登记；
- 若原法人丧失行为能力，需通过法定程序（如指定监护人）处理其股份，或由其他股东协商收购。
风险提示：
- 股份转让未履行法定程序（如未通知其他股东优先购买权），可能导致转让无效；
- 法定代表人变更后，原法人可能仍需对变更前的公司债务承担责任（如存在职务侵权行为）；
- 建议在变更前全面审查公司章程、股东协议等文件，避免遗漏关键条款。
如有具体案例或合同条款需分析，可直接向我提问，我会结合细节进一步解答。