结论：一般情况下，法院不会批准查封已灭失的房产，但在特定情形下可能存在例外。以下分情况具体说明：
房产已灭失且无相关权益或替代物时
若房产因拆除、损毁等原因已完全灭失，且不存在任何与该房产相关的权益（如拆迁补偿权益、保险赔偿权益等）或替代物（如重建后的房产），法院通常不会批准查封申请。因为查封的目的是为了保障将来判决的执行，若执行标的已不存在，查封便失去了实际意义。
房产虽灭失但存在相关权益或替代物时
若房产虽已灭失，但存在与该房产相关的权益或替代物，如拆迁补偿款、保险赔偿金或重建后的房产等，法院可能根据具体情况批准查封相关权益或替代物。例如，若被执行人因房产拆迁获得补偿款，法院可查封该补偿款以保障债权人的利益。
申请查封时房产尚未灭失，但查封后灭失
若申请查封时房产尚存在，法院依法作出了查封裁定并实施了查封措施，但查封后房产因各种原因灭失，此时查封的效力通常仍及于与该房产相关的权益或替代物。债权人可依法主张对相关权益或替代物的执行。
法律依据与实务操作：
根据《中华人民共和国民事诉讼法》及相关司法解释，查封的标的应为被执行人所有的财产或财产权益。若房产已灭失且无相关权益或替代物，则不属于可查封的财产范围。但在实务中，法院会结合具体案情，审查是否存在可查封的财产或财产权益，以保障债权人的合法权益。
建议：
若您面临此类问题，建议及时收集并固定相关证据，如房产灭失的证明、相关权益或替代物的存在情况等，并向法院提出明确的查封申请及理由。如有需要，可直接向我咨询具体法律问题。