二次入职时，关于返还经济补偿金的约定是否有效，需分情况讨论：
若约定不违反法律法规强制性规定：
- 在劳动关系中，用人单位与劳动者之间的约定，只要不违反法律法规的强制性规定，通常是有效的。因此，如果二次入职时，双方就经济补偿金的返还问题达成了明确且合法的约定，比如基于某种特定条件（如劳动者在短期内再次离职）下的返还，且该约定不损害劳动者的合法权益，那么这样的约定是有效的。
- 法律依据：根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，劳动合同的订立、履行、变更、解除或者终止，应当遵循合法、公平、平等自愿、协商一致、诚实信用的原则。只要双方约定符合这些原则，且不违反法律法规的强制性规定，即可认定为有效。
若约定违反法律法规强制性规定或显失公平：
- 如果双方关于经济补偿金返还的约定违反了法律法规的强制性规定，或者该约定显失公平（如用人单位利用优势地位迫使劳动者接受不合理的返还条件），那么这样的约定可能是无效的。
- 具体情形：例如，约定劳动者在二次入职后无论何种原因离职，均需返还全部经济补偿金，且该补偿金数额较大，明显超出了用人单位因劳动者离职可能遭受的损失，这样的约定可能因显失公平而被认定为无效。
- 法律依据：根据《中华人民共和国劳动合同法》第二十六条，下列劳动合同无效或者部分无效：（一）以欺诈、胁迫的手段或者乘人之危，使对方在违背真实意思的情况下订立或者变更劳动合同的；（二）用人单位免除自己的法定责任、排除劳动者权利的；（三）违反法律、行政法规强制性规定的。
建议与注意事项：
- 在签订劳动合同时，双方应就经济补偿金的返还问题进行明确且合法的约定，避免产生不必要的纠纷。
- 劳动者在签订合同时，应仔细阅读合同条款，特别是关于经济补偿金返还的部分，确保自己的合法权益不受损害。
- 如果双方就经济补偿金的返还问题产生争议，可以通过协商、调解、仲裁或诉讼等方式解决。
后续行动指导：
- 如果您或您所在的企业正面临类似问题，建议详细审查劳动合同中的相关条款，确保约定的合法性和合理性。
- 如有需要，可以进一步向我咨询，提供具体的合同条款和情况描述，以便我给出更具体的法律建议。