电瓶车主责、机动车次责的情况下，机动车的维修费一般由电瓶车车主和机动车车主按照责任比例分担，但电瓶车车主需承担主要部分。以下是详细分析：
一、责任认定与赔偿原则
在交通事故中，责任认定是赔偿的前提。根据交警部门出具的交通事故责任认定书，电瓶车被认定为主责，机动车为次责。这意味着电瓶车车主需承担事故的主要责任，包括机动车的维修费用中其应承担的部分。根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，侵害他人财产的，应当赔偿损失。因此，电瓶车车主和机动车车主都需按照责任比例来分担维修费用。
二、具体赔偿方式
电瓶车为非机动车时：
- 若电瓶车被认定为非机动车，那么电瓶车车主需直接承担其责任范围内的维修费用。具体比例根据责任认定书确定，例如，如果电瓶车车主承担70%的责任，那么他就需要支付机动车维修费用的70%。
- 剩余部分由机动车车主自行承担，或者如果机动车车主购买了车损险等保险，可以通过保险公司进行理赔。
电瓶车为机动车时：
- 若电瓶车被认定为机动车，并且购买了交强险，那么首先由保险公司在交强险责任限额范围内（通常为2000元）予以赔偿。但在这个案例中，由于电瓶车是主责，所以交强险可能不足以覆盖全部维修费用。
- 超出交强险责任限额的部分，由电瓶车车主和机动车车主按照责任比例分担。例如，如果维修费用总额为5000元，电瓶车车主承担70%的责任，那么电瓶车车主需要支付3500元（其中2000元可能由交强险覆盖，剩余1500元由电瓶车车主自行承担），机动车车主承担30%的责任，即1500元（这部分可能通过机动车的车损险进行理赔）。
- 如果电瓶车还购买了商业三者险，超出交强险部分可按保险合同约定由商业三者险赔偿，仍有不足的，由电瓶车一方承担。
三、赔偿协商与法律途径
- 协商处理：双方可就赔偿问题进行协商，达成一致后签订赔偿协议。这是最快捷、最经济的解决方式。
- 保险理赔：若电瓶车或机动车有保险且事故属于保险责任范围内，可通过保险公司进行理赔。
- 法律途径：若双方无法达成一致，或电瓶车一方拒绝承担责任、无力支付维修费用，机动车车主可向法院提起诉讼要求赔偿。法院会根据事实情况和相关证据作出公正判决。
四、建议与注意事项
- 保留证据：无论是协商还是诉讼，都需要保留好相关证据，如交通事故责任认定书、维修费用发票等。
- 及时沟通：双方应保持及时沟通，避免因为沟通不畅而导致问题复杂化。
- 咨询专业律师：如果对赔偿问题有疑问或无法达成一致，建议咨询专业律师以获取更具体的法律建议。
最后需要强调的是，每个交通事故案件都有其独特性，具体的赔偿方式和比例可能因案件情况而异。因此，在处理此类纠纷时，建议根据实际情况咨询专业律师以获取更准确的法律建议。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。