合同到期了公司不能直接以不合格为由处理员工，而应根据具体情况采取不同的措施。下面我将分情况详细分析：
一. 员工不胜任工作且合同到期
不能直接辞退：根据《中华人民共和国劳动法》和相关规定，员工不胜任工作并不是合同到期的直接辞退理由。公司不能直接以员工不合格为由在合同到期时辞退员工。
续签或调整岗位：如果公司希望继续与员工合作，可以考虑续签合同，并同时制定明确的绩效改进计划，帮助员工提升工作能力。另外，也可以考虑将员工调整到其他更适合的岗位。
协商解除：如果双方无法就续签或调整岗位达成一致，公司可以与员工协商解除劳动合同，但需支付相应的经济补偿金。
二. 员工存在严重过错
依据规章制度处理：如果员工在合同期内存在严重违反公司规章制度或法律法规的行为，公司可以依据《中华人民共和国劳动合同法》第三十九条的规定，在合同到期时不再续签，并可以依法解除劳动合同，且无需支付经济补偿金。
保留证据：在处理此类情况时，公司应确保有充分的证据支持其决定，如员工违规的记录、证人证言等。
三. 合同到期后的续签与终止
提前通知：根据《中华人民共和国劳动合同法》的规定，公司在决定不续签劳动合同时，应提前三十日以书面形式通知员工或者额外支付员工一个月工资后，可以解除劳动合同。
经济补偿：如果公司决定不续签劳动合同且员工无过错，公司应根据员工在公司工作的年限，每满一年支付一个月工资的经济补偿金。
我的观点：合同到期时处理不合格员工需要谨慎操作，不能简单以不合格为由直接辞退。公司应根据员工的具体情况和公司的规章制度，采取合适的措施来处理。如有进一步需要，您可以继续咨询我。