和支付机构签订的合作协议是否有效，需根据具体情况判断，但一般而言，若满足法定条件，则协议有效。以下从不同角度进行分析：

一、协议有效的法定条件

1. 主体适格：签订协议的双方需具备相应的民事行为能力。支付机构作为法人或其他组织，应依法设立并具备从事支付业务的资质；您作为另一方，也应具备完全民事行为能力，能够独立承担民事责任。

2. 意思表示真实：双方签订协议时，应基于真实、自愿的意思表示，不存在欺诈、胁迫、乘人之危等情形。若协议是在一方被欺诈或胁迫的情况下签订的，则该协议可能被认定为无效或可撤销。

3. 内容合法：协议内容应符合法律法规的规定，不得违反公序良俗。例如，协议中不得约定非法交易、洗钱等违法内容。

4. 形式合规：虽然合作协议不一定需要采用书面形式，但为了明确双方的权利义务，避免纠纷，建议采用书面形式签订。若法律法规对特定类型的合同有形式要求（如必须采用书面形式），则应遵守相关规定。

二、协议可能无效的情形

1. 违反法律法规的强制性规定：若协议内容违反了法律法规的强制性规定，如未经批准从事支付业务、违反外汇管理规定等，则该协议可能被认定为无效。

2. 恶意串通损害国家、集体或第三人利益：若双方签订协议时存在恶意串通，损害国家、集体或第三人利益的情形，则该协议无效。

3. 以合法形式掩盖非法目的：若双方以签订合作协议为形式，实际上从事的是非法活动，如洗钱、诈骗等，则该协议无效。

三、法律建议

1. 审查支付机构资质：在签订合作协议前，应审查支付机构是否具备从事支付业务的资质，包括是否取得相关部门的批准或备案。

2. 明确协议内容：协议中应明确双方的权利义务、合作方式、费用结算、违约责任等内容，避免模糊不清或存在歧义。

3. 咨询专业律师：若对协议内容或法律效力存在疑问，建议咨询专业律师进行审查。律师可以根据您的具体情况和需求，提供专业的法律意见和建议。

4. 保留证据：在签订和履行协议过程中，应保留好相关证据，如协议文本、往来邮件、聊天记录等，以备不时之需。

若您已经和支付机构签订了合作协议，并担心其法律效力，可以直接向我咨询，我会根据协议的具体内容和相关法律法规，为您提供专业的法律意见。