结论：在法定代表人证明文件正本未盖章而副本盖章的情况下，是否可以否决投标，需根据招标文件的具体要求以及相关法律法规的规定来判断，不能一概而论。以下从不同角度进行分析：

一、招标文件的具体要求

1. 明确规定必须正本盖章：

   • 如果招标文件明确规定法定代表人证明文件必须为正本且需盖章，那么正本未盖章而副本盖章的情况将不符合招标文件的要求。在此情况下，招标人有权根据招标文件的规定否决该投标。

2. 未明确规定或允许副本盖章：

   • 如果招标文件未明确规定必须正本盖章，或者明确允许副本盖章作为有效文件，那么正本未盖章而副本盖章的情况可能不会影响投标的有效性。此时，招标人应依据招标文件的实际规定来处理，不应轻易否决投标。

二、相关法律法规的规定

1. 《中华人民共和国招标投标法》及相关规定：

   • 根据《中华人民共和国招标投标法》及其相关规定，招标文件应当明确投标文件的编制要求，包括文件的形式、内容、盖章等。如果招标文件未明确规定必须正本盖章，且副本盖章符合招标文件的其他要求，那么该投标文件应被视为有效。
   • 同时，如果招标人在招标过程中存在歧视性、不公平或违反法律法规的行为，如无正当理由否决符合要求的投标，投标人可以依法提出异议或投诉。

2. 《中华人民共和国民法典》中关于合同成立与生效的规定：

   • 在合同纠纷领域，合同的成立与生效需满足一定的形式要件和实质要件。虽然投标文件并非严格意义上的合同，但其在招标投标过程中具有类似合同的性质。因此，可以参照《中华人民共和国民法典》中关于合同成立与生效的规定来理解投标文件的有效性。
   • 如果招标文件未明确规定必须正本盖章，且副本盖章不影响投标文件的实质内容，那么该投标文件应被视为有效成立。

三、实际操作中的建议

1. 仔细审查招标文件：

   • 投标人在准备投标文件时，应仔细审查招标文件的具体要求，确保投标文件符合所有规定。如果招标文件要求正本盖章，那么必须确保正本已盖章；如果招标文件未明确要求或允许副本盖章，那么可以根据实际情况选择是否盖章。

2. 与招标人沟通确认：

   • 如果投标人对招标文件的要求存在疑问或不确定，应及时与招标人沟通确认。通过沟通，可以明确招标人的具体要求，避免因误解或疏忽而导致投标被否决。

3. 保留相关证据：

   • 在投标过程中，投标人应保留好所有与投标相关的证据，包括投标文件的副本、盖章记录、与招标人的沟通记录等。这些证据在后续可能出现的争议中具有重要的证明作用。

如有更多疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。