发生重大医疗纠纷时，医疗机构应当按照规定向所在地县级以上地方人民政府卫生主管部门报告，并采取措施及时处理。具体处理流程如下：

一. 报告与处理

1. 报告义务：根据相关规定，发生重大医疗纠纷时，医疗机构有义务向所在地县级以上地方人民政府卫生主管部门报告。这一规定确保了卫生主管部门能及时掌握医疗纠纷的情况，以便进行必要的监督和指导。
2. 及时处理：医疗机构在报告的同时，应当立即采取措施及时处理纠纷，包括但不限于与患者或其家属进行沟通、协商，以及启动内部调查程序等。

二. 沟通与协商

1. 沟通：医疗机构应当积极与患者或其家属进行沟通，了解他们的诉求和关切，解释医疗过程和可能存在的问题，以消除误解和疑虑。
2. 协商：在沟通的基础上，医疗机构可以与患者或其家属进行协商，尝试达成和解或调解协议。这一步骤有助于化解矛盾，避免纠纷进一步升级。

三. 内部调查与整改

1. 内部调查：医疗机构应当启动内部调查程序，对医疗纠纷进行深入剖析，查明事实真相，明确责任归属。
2. 整改措施：根据内部调查结果，医疗机构应当制定并实施相应的整改措施，以改进医疗服务质量，防止类似纠纷再次发生。

四. 配合相关部门调查 在医疗纠纷处理过程中，医疗机构应当积极配合卫生主管部门、医疗事故技术鉴定机构等相关部门的调查工作，提供必要的资料和信息，以便他们进行客观、公正的判断和评价。

我建议：医疗机构在处理重大医疗纠纷时，应当遵循法律法规和规章制度的要求，积极与患者或其家属进行沟通协商，启动内部调查程序，并配合相关部门的调查工作。同时，医疗机构也应当加强医疗质量管理，提高医疗服务水平，以减少医疗纠纷的发生。如有进一步需要，您可以继续咨询我。