在农村镇子上购买商品房并进行公证，其合法性和有效性需结合多个法律层面和实际情况来综合判断。以下是对这一问题的详细解答：
公证的基本作用
公证是公证机构根据申请，依照法定程序对民事法律行为、有法律意义的事实和文书的真实性、合法性予以证明的活动。对于农村房产（包括镇子上的商品房，若其性质属于农村房产范畴）买卖合同而言，经过公证可以增强合同的证明力，为交易提供一定程度的保障。公证机构会对合同的内容、签署过程等进行审查，并出具公证书，作为合同真实性和合法性的证据。
农村房产买卖的特殊性
农村房产买卖，特别是涉及宅基地使用权的转让，受到严格的法律法规和政策限制。宅基地属于农民集体所有，其转让通常仅限于本村集体经济组织成员之间。这意味着，如果买方不是本村集体经济组织成员，那么即使进行了公证，该房产买卖合同也可能因违反宅基地管理规定而被认定为无效。
公证与物权变动的关系
需要明确的是，公证本身并不直接导致物权变动。农村房产买卖除了合同需要合法有效外，还需符合宅基地转让的相关规定，并办理不动产过户登记手续，才能完成物权的变动。因此，即使进行了公证，如果未办理过户登记，买方也并未真正取得房产的所有权。
公证与合同效力的关系
公证主要是对合同的真实性、合法性进行审查，并出具公证书作为证据使用。它并不直接决定合同的效力。如果合同本身存在违法或无效的情况（如买方非本村集体经济组织成员、合同内容违反法律法规等），即使经过了公证，也不能改变合同无效的事实。
实际操作建议
了解法律法规和政策：在进行农村房产买卖前，双方应充分了解并遵守相关法律法规和政策规定，特别是关于宅基地使用权的转让规定。
选择正规公证机构：如需公证，应选择正规的公证机构进行办理，以确保公证书的权威性和可信度。
咨询专业律师：在交易过程中，建议咨询专业律师或法律顾问，以规避潜在的法律风险。律师可以对合同的合法性、有效性进行审查，并提供法律意见和建议。
结论
综上所述，农村镇子上的商品房买卖公证在证明合同真实性、合法性方面具有一定效力，但并不能直接决定物权变动或合同的最终有效性。交易双方应严格遵守相关法律法规和政策要求，确保交易的合法性和安全性。如果买方不是本村集体经济组织成员，或者合同内容违反法律法规，那么即使进行了公证，该房产买卖合同也可能被认定为无效。因此，在进行农村房产买卖时，务必谨慎行事，并咨询专业律师的意见。