在处理股东出资纠纷和所有权确认纠纷竞合的情况下，确定管辖法院需要综合考虑多个因素，包括法律法规的规定、合同条款的约定以及司法实践中的通常做法。以下是对这一问题的详细解答：
一、股东出资纠纷的管辖确定
一般原则：
- 根据《中华人民共和国民事诉讼法》及相关司法解释，股东出资纠纷通常被视为与公司密切相关的纠纷，因此一般由公司住所地人民法院管辖。公司住所地主要指公司主要办事机构所在地，若不明确，则以其注册地或登记地为住所地。
特殊情况：
- 合同履行地：若股东出资纠纷涉及合同履行问题，且合同中有明确约定或根据争议标的性质可判断合同履行地，则可由合同履行地法院管辖。例如，若股东未履行出资义务，公司作为接收出资的一方，其所在地可认定为合同履行地。
- 协议管辖：若股东出资纠纷涉及的合同中明确约定了管辖法院，且该约定不违反级别管辖和专属管辖的规定，则应按照协议约定的法院提起诉讼。
二、所有权确认纠纷（股权确认纠纷）的管辖确定
特殊地域管辖原则：
- 股权确认纠纷同样适用特殊地域管辖原则，即一般由公司住所地人民法院管辖。这一规定旨在方便当事人诉讼、法院审理和执行，因为公司相关档案资料、证据多存放于公司住所地。
协议管辖原则：
- 在股权确认纠纷中，若当事人之间存在合法有效的协议管辖约定，且该约定不违反级别管辖和专属管辖的规定，则应按照协议约定的法院提起诉讼。当前司法实践倾向于尊重当事人的协议管辖约定。
三、竞合情况下的管辖确定
当股东出资纠纷和所有权确认纠纷（股权确认纠纷）竞合时，确定管辖法院需综合考虑以下因素：
是否存在有效协议管辖：
- 若双方之前签订的合同或协议中明确约定了管辖法院，且该约定不违反级别管辖和专属管辖的规定，则应优先按照协议约定的法院提起诉讼。
公司住所地的确定：
- 若不存在有效协议管辖或协议无效，则应根据公司住所地的法律规定来确定管辖法院。通常，公司住所地的人民法院对这两类纠纷都具有管辖权。
具体案件情况：
- 在具体案件中，还需考虑案件标的额、是否涉及不动产或港口作业等特殊类型的纠纷等因素，以确定是否存在级别管辖或专属管辖的情况。
四、总结与建议
在处理股东出资纠纷和所有权确认纠纷竞合的情况下，确定管辖法院应遵循以下步骤：
- 检查协议管辖：首先检查双方之间是否存在有效协议管辖约定，并确认该约定是否违反级别管辖和专属管辖的规定。
- 确定公司住所地：若不存在有效协议管辖或协议无效，则确定公司住所地，并考虑由公司住所地的人民法院管辖。
- 考虑特殊情况：根据具体案件情况，考虑是否存在级别管辖或专属管辖的情况，并据此确定管辖法院。
建议：在涉及此类纠纷时，当事人应尽早咨询专业律师，以便更准确地确定管辖法院，并确保诉讼程序的顺利进行。同时，在签订合同时，应明确约定管辖法院，以减少未来可能出现的管辖争议。