政府在确权有纠纷的情况下，一般不可以直接取消另一方的确权档案，但需视具体情况和法定程序而定。以下从不同角度对此问题进行分析：
一、确权档案的法律性质与稳定性
确权档案，作为政府对特定权利归属的确认和记录，具有法律上的确定性和稳定性。一旦确权，该档案即成为权利归属的法定依据，非经法定程序，不得随意变更或撤销。这是为了维护法律秩序的稳定性和可预测性，保护当事人的合法权益。
二、确权纠纷的解决途径
当确权发生纠纷时，当事人应首先通过合法途径解决纠纷，而非直接要求政府取消另一方的确权档案。常见的解决途径包括：
- 协商：当事人可以尝试通过友好协商的方式解决纠纷，达成和解协议。
- 行政复议：如果当事人认为政府的确权行为违法或不当，可以依法申请行政复议，请求复议机关对确权行为进行审查并作出决定。
- 行政诉讼：如果当事人对行政复议结果不服，或者未选择行政复议而直接选择诉讼，可以依法向人民法院提起行政诉讼，请求法院对确权行为进行司法审查。
三、政府取消确权档案的法定条件与程序
政府作为确权行为的主体，在确权有纠纷的情况下，并不能直接取消另一方的确权档案。政府若认为确权行为存在错误或违法，需要撤销或变更确权档案的，必须遵循法定条件和程序：
- 法定条件：政府需要证明确权行为存在重大错误、违法或不当情形，且该情形足以影响确权结果的合法性和正当性。
- 法定程序：政府需要按照法定程序进行撤销或变更确权档案的操作，包括但不限于通知当事人、听取当事人意见、进行调查取证、作出撤销或变更决定等。同时，政府还需要将撤销或变更决定及时通知相关当事人，并办理相应的档案变更手续。
四、法律后果与风险提示
如果政府未经法定程序擅自取消另一方的确权档案，可能面临以下法律后果：
- 行政行为违法：政府的擅自取消行为可能构成行政违法，需要承担相应的法律责任。
- 损害当事人权益：擅自取消确权档案可能损害当事人的合法权益，引发新的纠纷和诉讼。
- 影响政府公信力：政府的擅自取消行为可能损害政府的公信力和形象，影响政府与民众之间的关系。
建议：
- 如果您面临确权纠纷，建议首先通过合法途径解决纠纷，如协商、行政复议或行政诉讼等。
- 在解决纠纷过程中，务必保留好相关证据和材料，以便在需要时提供证明。
- 如果您认为政府的确权行为存在错误或违法，可以依法向相关部门提出异议或申请复议、诉讼等。
有问题可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供专业的法律建议。