针对您提出的“科研项目联合申报协议是否需要技术合同备案”的问题，以下是我的详细解答：

首先，我们需要明确的是，科研项目联合申报协议，如果其性质属于委托研发或合作研发，并且涉及技术合同的实质性要素，那么通常是需要进行技术合同备案的。这一要求主要基于国家税务总局和科技部发布的相关政策，旨在确保研发费用加计扣除等优惠政策的准确实施。

具体来说，根据《国家税务总局 科技部关于加强企业研发费用加计扣除政策贯彻落实工作的通知》（税总发〔2017〕106号）的规定，委托研发与合作研发项目的合同需经科技主管部门登记。这是为了享受研发费用加计扣除等税收优惠政策，未申请认定登记和未予登记的技术合同将不得享受这些优惠。

同时，该通知也强调了“实质重于形式”的原则，即只要研发项目合同具备技术合同登记的实质性要素，即使形式上与技术合同示范文本存在差异，也应予以登记。这为企业提供了更大的灵活性，不必完全拘泥于技术合同示范文本的格式。

对于科研项目联合申报协议而言，如果它包含了技术开发的实质性内容，如研发目标、技术路线、研发周期、费用分配等关键要素，并且符合技术合同的基本特征，那么它就应该被视为技术合同，并进行相应的备案登记。

此外，虽然您提供的参考信息中主要涉及的是南京市创新联合体的备案推荐工作，但这并不排除其他地区或类型的科研项目联合申报协议也需要进行技术合同备案的可能性。因为技术合同备案的要求通常是全国性的，或者至少是在一定区域内普遍适用的。

综上所述，如果您的科研项目联合申报协议属于委托研发或合作研发，并且涉及技术合同的实质性要素，那么建议您按照相关规定进行技术合同备案。这样不仅可以确保您享受相关的税收优惠政策，还可以规范合同管理，降低法律风险。如果您对具体的备案流程或要求有疑问，可以咨询当地的科技主管部门或专业机构以获取更详细的指导。