若在证人证言对伤者不利的情况下，工伤科不认定工伤，您可以采取以下措施来维护自己的合法权益：

1. 申请行政复议：

   • 法律依据：根据《行政复议法》的相关规定，您对工伤认定决定不服的，可以自收到该决定之日起六十日内提出行政复议申请。
   • 操作建议：准备充分的证据材料，包括但不限于医疗记录、工作证明、证人证言（即使对己方不利，也可作为反驳点或说明情况）、现场照片或视频等，以证明工伤事实的存在。向作出工伤认定决定的上一级人力资源和社会保障部门或同级人民政府提出行政复议申请，请求撤销原认定决定并重新作出认定。

2. 提起行政诉讼：

   • 法律依据：若对行政复议结果仍不满意，或者未选择行政复议而直接选择诉讼途径，您可以根据《行政诉讼法》的规定，在收到复议决定书之日起十五日内或复议期满之日起十五日内，向人民法院提起行政诉讼。
   • 操作建议：在诉讼过程中，您需要详细阐述工伤发生的事实经过，提供充分的证据支持自己的主张。法院将依法审理，并作出公正判决。若法院认为工伤认定决定存在错误，将判决撤销或变更该决定。

3. 补充或重新收集证据：

   • 策略分析：证人证言对己方不利时，不要气馁。尝试从其他角度收集证据，如寻找其他目击者、调取监控录像、收集工作记录等，以形成完整的证据链。
   • 操作建议：与雇主沟通，请求其提供工作记录、考勤表等可能证明工伤事实的材料。同时，也可以考虑委托专业机构进行事故鉴定，以获取更客观、科学的证据。

4. 寻求法律援助或咨询专业律师：

   • 重要性说明：在处理此类复杂法律问题时，寻求专业律师的帮助至关重要。律师能够为您提供专业的法律意见，指导您如何收集证据、准备法律文书，并在诉讼过程中代表您进行辩护。
   • 操作建议：选择有丰富劳动纠纷处理经验的律师进行咨询。在咨询过程中，详细阐述自己的情况，听取律师的建议，并根据律师的指导采取相应的法律行动。

在处理此类问题时，您需要注意以下几点：

• 保持冷静和理性：不要因情绪激动而做出不理智的行为，这可能会影响您的权益维护。
• 及时行动：不要拖延时间，以免错过申请行政复议或提起行政诉讼的法定期限。
• 全面准备：在申请行政复议或提起行政诉讼前，确保自己已经收集了充分的证据材料，并制定了详细的诉讼策略。

若您在此过程中遇到任何困难或疑问，可以直接向我咨询。作为专业律师，我将根据您的具体情况，为您提供最全面、最专业的法律建议。