退缴赃款与违法所得同时存在时，需根据法律性质、程序要求及司法实践综合处理，核心原则为“区分性质、依法处置、程序衔接”。具体处理方式如下：

1. 区分“赃款”与“违法所得”的法律性质

• 赃款：通常指犯罪行为直接获取的财物（如盗窃、诈骗所得），属于刑事法律中的“犯罪所得”，其处置需严格遵循刑事诉讼程序，如《刑法》第六十四条规定的“犯罪分子违法所得的一切财物，应当予以追缴或者责令退赔”。
• 违法所得：范围更广，包括行政违法或民事侵权中通过非法手段获取的利益（如行政处罚中的非法经营所得、民事赔偿中的不当得利），其处置可能涉及行政程序或民事诉讼。

处理要点：需先明确款项性质，若同时涉及刑事赃款与行政/民事违法所得，需分别适用刑事追缴程序与行政/民事返还程序。

2. 刑事案件中“退缴赃款”与“违法所得追缴”的衔接

• 退缴赃款的自愿性：犯罪嫌疑人、被告人主动退缴赃款，可作为量刑情节（如从轻、减轻处罚），但退缴不免除司法机关依法追缴违法所得的义务。
• 司法机关的追缴义务：即使被告人已退缴部分赃款，司法机关仍需对全部违法所得进行核查，若发现未退缴部分，可依法追缴或责令退赔。
• 退赔与追缴的优先顺序：根据《最高人民法院关于适用〈刑事诉讼法〉的解释》第五百二十二条，退赔被害人损失优先于上缴国库；若违法所得无法区分被害人，则上缴国库。

处理要点：退缴赃款可视为履行部分追缴义务，但需以司法机关最终核定的违法所得总额为限，避免重复或遗漏。

3. 行政或民事案件中违法所得的处置

• 行政处罚中的违法所得：根据《行政处罚法》第二十八条，行政机关可没收违法所得；若同时涉及刑事犯罪，需移送司法机关处理，避免“以罚代刑”。
• 民事赔偿中的违法所得：如侵权赔偿中，法院可判决返还非法所得；若与刑事追缴重叠，需协调执行程序，避免被害人重复获赔。

处理要点：行政或民事案件中的违法所得处置需与刑事程序衔接，必要时通过司法机关协调或中止行政/民事程序。

4. 实务中的程序协调与风险防范

• 证据固定：退缴赃款或追缴违法所得时，需留存书面凭证（如退缴收据、银行转账记录），明确款项性质、金额及接收主体。
• 执行冲突解决：若不同程序对同一款项主张权利（如刑事追缴与民事执行），需通过执行异议、参与分配程序协调，优先保障被害人权益。
• 合规建议：当事人应主动配合司法机关核查，避免隐匿、转移财产；若对款项性质有争议，可申请司法审计或专家鉴定。

总结：退缴赃款与违法所得并存时，需以法律性质为区分基准，刑事案件优先适用追缴程序，行政/民事案件需与刑事程序衔接，同时注重证据固定与程序协调。如有具体案件，可进一步提供细节，我将结合案情分析处置方案。