公司股权在司法拍卖后，其上的质押并不会自动失效。以下是对此问题的详细分析：
一、质押权的法律特性
质押权作为一种担保物权，具有从属性、不可分性和物上代位性等特点。从属性意味着质押权的存在、转移和消灭都依赖于主债权的存在、转移和消灭。在公司股权质押的情境中，质押权是依附于主债权（如借款合同）而存在的。当公司股权被司法拍卖时，这并不意味着主债权已经消灭，因此质押权作为从权利，也不会因此自动失效。
二、司法拍卖对质押权的影响
拍卖程序：在司法拍卖过程中，法院会依法对被质押的股权进行评估、拍卖。拍卖所得款项将首先用于清偿被执行人的债务，包括质押权人所享有的债权。
质押权实现：如果拍卖所得款项足以清偿质押权人的债权，那么质押权将得到实现，质押权人的权利将得到满足。但这并不意味着质押权自动失效，而是质押权已经通过拍卖程序得到了实现。
剩余款项处理：如果拍卖所得款项在清偿质押权人的债权后还有剩余，那么剩余款项将按照法定顺序分配给其他债权人。这同样不影响质押权的效力，因为质押权已经在其债权范围内得到了实现。
拍卖不足清偿：如果拍卖所得款项不足以清偿质押权人的债权，那么质押权人仍有权就未清偿的部分向被执行人追偿。此时，质押权并未失效，而是继续存在，直至债权得到完全清偿。
三、质押权失效的情形
质押权通常在以下情形下失效：
主债权消灭：当质押权所担保的主债权因清偿、抵销、免除等原因而消灭时，质押权也随之消灭。
质押物灭失：如果质押物（如公司股权）因各种原因而灭失，且没有代位物（如保险金、赔偿金等）可以替代时，质押权将因失去担保物而失效。
质押权实现：当质押权人通过拍卖、变卖等方式实现其质押权后，质押权在已实现的债权范围内失效。但如前所述，这并不意味着质押权在整个债权范围内都失效，如果拍卖所得不足以清偿全部债权，质押权仍继续存在。
法律规定或当事人约定：在某些特定情况下，法律可能规定质押权的失效条件，或者当事人可能在合同中约定质押权的失效情形。
四、建议与注意事项
审查合同条款：在涉及公司股权质押的交易中，各方应仔细审查合同条款，明确质押权的设立、变更、消灭等事项。
关注拍卖程序：如果公司股权被司法拍卖，质押权人应密切关注拍卖程序，确保自己的权益得到保障。
及时主张权利：在质押权可能受到侵害的情况下，质押权人应及时主张自己的权利，避免因怠于行使权利而导致损失。
如有任何关于公司股权质押或司法拍卖的法律问题，欢迎直接向我咨询。