当您选择签认罪认罚但同时对证据有异议时，这是一个涉及刑事诉讼程序和当事人权利保障的重要问题。以下是我为您详细梳理的处理流程和相关法律依据：
一、审查起诉阶段的处理
提出异议：
- 在审查起诉阶段，如果您已经认罪认罚但对某些证据有异议，您有权向检察官提出。这是您的合法权利，也是确保案件公正处理的重要环节。
检察官的考量：
- 检察官在收到您的异议后，会结合案件证据和事实进行认真考量。如果认为您的异议合理，可能会调整起诉策略或补充证据；如果认为异议不合理，则会向您释法说理，解释证据的合法性和关联性。
变更罪名或量刑建议的可能性：
- 在此阶段，如果检察官认为您的异议影响了罪名的认定或量刑的合理性，有可能会变更起诉罪名或调整量刑建议。但这需要基于充分的证据和法律理由。
二、审判阶段的处理
庭审中的异议提出：
- 进入审判阶段后，如果您仍然对证据有异议，可以在庭审中向法官提出。法官会引导控辩双方围绕证据进行辩论，确保庭审的公正性和透明度。
法院的审查与判断：
- 法院在审理案件时，会全面审查案件证据和事实，包括您提出的异议。如果法院认为指控的证据确实存在问题或不足以支持指控，会按照审理认定的证据和事实作出判决。
保障当事人权利：
- 即便您已经认罪认罚，您仍然有权对证据提出异议。司法机关会依法保障您的这一权利，确保案件的公正处理。
三、具体操作建议
充分准备异议材料：
- 在提出异议前，建议您充分准备相关材料，包括证据清单、异议理由及法律依据等。这有助于您更清晰地表达自己的观点，也有助于检察官或法官更好地理解您的异议。
保持沟通与协商：
- 在整个诉讼过程中，建议您与检察官和法官保持沟通与协商。通过积极的沟通，您可以更好地了解案件进展和司法机关的考量，也有助于您更合理地提出异议。
尊重司法程序与判决：
- 无论您的异议是否得到支持，都请您尊重司法程序和判决结果。如果您对判决结果仍有异议，可以通过上诉等法律途径来维护自己的合法权益。
四、法律依据
- 根据《刑事诉讼法》的相关规定，犯罪嫌疑人、被告人有权对指控的证据提出异议，并有权在庭审中发表自己的观点和意见。
- 司法机关在处理案件时，应当依法保障当事人的合法权益，确保案件的公正处理。
综上所述，当您签认罪认罚但对证据有异议时，您有权在审查起诉阶段和审判阶段提出异议，并有权要求司法机关依法保障您的权利。希望以上解答能够对您有所帮助。如果您还有其他问题或需要进一步的法律帮助，请随时咨询。