司机死亡后，车主赔偿不会扣除医疗费，死亡赔偿金与医疗费是分开计算的。以下从法律性质、赔偿项目及实际操作三个角度进行详细分析：

1. 法律性质不同

• 死亡赔偿金：是对死者近亲属因受害人死亡导致的生活资源减少和丧失的补偿，其性质是对未来收入损失的赔偿，属于精神损害抚慰与物质补偿的结合。
• 医疗费：是救治伤者过程中实际产生的费用，如检查费、药费、住院费等，属于直接经济损失。
• 法律依据：根据《民法典》及相关司法解释，死亡赔偿金与医疗费属于不同的赔偿项目，二者在法律上独立存在，互不包含。

2. 赔偿项目分开计算

• 死亡赔偿金：计算标准通常为受诉法院所在地上一年度城镇居民人均可支配收入或农村居民人均纯收入，按20年计算（60周岁以上年龄每增加1岁减少1年，75周岁以上按5年计算）。
• 医疗费：根据实际发生的费用凭票据主张，包括抢救费、治疗费、药费等。
• 案例印证：如小朱驾车与小许车辆碰撞，小许当场死亡。家属要求赔偿死亡赔偿金时，若之前产生医疗费，可另行主张，法院会支持两项赔偿的独立请求。

3. 实际操作建议

• 车主责任：若司机因执行工作任务导致死亡，车主（用人单位）可能承担工伤保险责任与侵权责任的竞合，但医疗费仍需单独赔偿。
• 证据留存：家属应保存医疗费发票、诊断证明、用药清单等证据，以便主张医疗费赔偿。
• 协商与诉讼：若与车主协商不成，可通过诉讼解决，法院会依据证据分别判决死亡赔偿金与医疗费。

4. 特殊情形提示

• 司机自身过错：若司机对事故负主要责任，可能影响死亡赔偿金的数额，但不影响医疗费的单独主张。
• 车主无过错：若车主无过错（如非雇佣关系、车辆无缺陷），可能仅需在交强险范围内承担有限赔偿，但医疗费仍需按实际发生赔偿。

结论：司机死亡后，车主赔偿不会扣除医疗费，死亡赔偿金与医疗费需分别主张。若遇争议，建议家属及时咨询专业律师，固定证据，通过法律途径维护权益。如有具体案情，可进一步向我咨询。