核心结论：违法所得购买股票后发生亏损，追缴时仍以违法所得原始金额为准，亏损部分不影响追缴义务的履行，但需结合具体违法情形、资金流向及司法程序处理。以下是具体分析：

1. 追缴原则：以违法所得原始金额为准

根据《刑法》第六十四条及司法解释，违法所得的追缴应“追缴原值”，即以行为人通过违法行为实际获得的财产数额为基准，而非最终实际控制的金额。
举例：若行为人通过诈骗获得100万元，用其中80万元购买股票后亏损至50万元，追缴时仍需追缴100万元（扣除已退赔部分），亏损的30万元不影响追缴义务。
依据：最高人民法院、最高人民检察院《关于办理诈骗刑事案件具体应用法律若干问题的解释》第十条明确，违法所得已部分或全部转变、转化为其他财产的，应追缴转化后的财产；若因投资亏损导致财产减少，仍需追缴原始金额，但可酌情考虑行为人主观恶性及退赔能力。

2. 亏损部分的司法处理：需区分情形

• 情形一：亏损资金可追溯
  若股票账户中的剩余资金或股票仍可变现（如未清仓），司法机关会直接冻结、拍卖股票或划转账户余额，直至覆盖违法所得金额。
  操作：法院会向证券公司发出协助执行通知书，要求冻结账户并强制平仓变现。

• 情形二：亏损资金无法追溯
  若股票已全部亏损且无其他财产可供执行，行为人仍需承担退赔责任，但可能因“执行不能”被终结本次执行程序。此时，行为人若未来获得财产（如工资、房产），法院可恢复执行。
  例外：若行为人能证明亏损系市场正常风险（如非因内幕交易、操纵市场等违法行为导致），可能减轻退赔责任，但需提供充分证据（如交易记录、市场分析报告）。

3. 特殊情形：违法所得与合法财产混同

若违法所得与合法财产混同购买股票（如用100万违法所得+50万合法资金购买150万股票），追缴时需按比例分割：

• 方法一：按资金比例追缴。若股票现值80万，则追缴违法所得部分为80万×(¹⁰⁰⁄₁₅₀)=53.33万。
  
• 方法二：优先退赔合法财产。若行为人主动退赔合法财产部分（50万），则剩余30万亏损由违法所得承担，无需再追缴。
  依据：《关于办理非法集资刑事案件适用法律若干问题的意见》第五条明确，混同财产应按比例退赔，但优先保障合法财产权益。

4. 实务建议：主动配合司法程序

• 退赔优先：若行为人能在判决前主动退赔违法所得，可争取从轻处罚（如缓刑、减刑）。
  
• 证据留存：保存股票交易记录、资金流水等证据，证明亏损原因及金额，避免被认定为“恶意转移财产”。
  
• 协商解决：与被害人或司法机关协商分期退赔，降低短期资金压力。

总结：违法所得购买股票后的亏损不影响追缴义务，但具体执行需结合资金流向、司法程序及行为人配合程度。如有进一步疑问，可直接向我咨询具体案件处理方案。